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Structure paper

タイトルA framework for Frizzled-G protein coupling and implications to the PCP signaling pathways.
ジャーナル・号・ページCell Discov, Vol. 10, Issue 1, Page 3, Year 2024
掲載日2024年1月5日
著者Zhibin Zhang / Xi Lin / Ling Wei / Yiran Wu / Lu Xu / Lijie Wu / Xiaohu Wei / Suwen Zhao / Xiangjia Zhu / Fei Xu /
PubMed 要旨The ten Frizzled receptors (FZDs) are essential in Wnt signaling and play important roles in embryonic development and tumorigenesis. Among these, FZD6 is closely associated with lens development. ...The ten Frizzled receptors (FZDs) are essential in Wnt signaling and play important roles in embryonic development and tumorigenesis. Among these, FZD6 is closely associated with lens development. Understanding FZD activation mechanism is key to unlock these emerging targets. Here we present the cryo-EM structures of FZD6 and FZD3 which are known to relay non-canonical planar cell polarity (PCP) signaling pathways as well as FZD1 in their G protein-coupled states and in the apo inactive states, respectively. Comparison of the three inactive/active pairs unveiled a shared activation framework among all ten FZDs. Mutagenesis along with imaging and functional analysis on the human lens epithelial tissues suggested potential crosstalk between the G-protein coupling of FZD6 and the PCP signaling pathways. Together, this study provides an integrated understanding of FZD structure and function, and lays the foundation for developing therapeutic modulators to activate or inhibit FZD signaling for a range of disorders including cancers and cataracts.
リンクCell Discov / PubMed:38182578 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 3.5 Å
構造データ

36111

8j9n

EMDB-36111, PDB-8j9n:
Gq bound FZD1 in ligand-free state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

36112

8j9o

EMDB-36112, PDB-8j9o:
Cryo-EM structure of inactive FZD1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

36258

8jh7

EMDB-36258, PDB-8jh7:
FZD6 in inactive state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

36261

8jhb

EMDB-36261, PDB-8jhb:
FZD6 Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

36262

8jhc

EMDB-36262, PDB-8jhc:
FZD3 in inactive state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

36266

8jhi

EMDB-36266, PDB-8jhi:
FZD3-Gs complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • vicugna pacos (アルパカ)
  • mus (ネズミ)
  • synthetic construct (人工物)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / FZD1-Gq / class-F / Frizzled receptor / Complex / Frizzled (Frizzled) / FZD1 / FZD6 / Complex. / FZD3

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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