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Structure paper

タイトルStructural basis of membrane skeleton organization in red blood cells.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 186, Issue 9, Page 1912-1929.e18, Year 2023
掲載日2023年4月27日
著者Ningning Li / Siyi Chen / Kui Xu / Meng-Ting He / Meng-Qiu Dong / Qiangfeng Cliff Zhang / Ning Gao /
PubMed 要旨The spectrin-based membrane skeleton is a ubiquitous membrane-associated two-dimensional cytoskeleton underneath the lipid membrane of metazoan cells. Mutations of skeleton proteins impair the ...The spectrin-based membrane skeleton is a ubiquitous membrane-associated two-dimensional cytoskeleton underneath the lipid membrane of metazoan cells. Mutations of skeleton proteins impair the mechanical strength and functions of the membrane, leading to several different types of human diseases. Here, we report the cryo-EM structures of the native spectrin-actin junctional complex (from porcine erythrocytes), which is a specialized short F-actin acting as the central organizational unit of the membrane skeleton. While an α-/β-adducin hetero-tetramer binds to the barbed end of F-actin as a flexible cap, tropomodulin and SH3BGRL2 together create an absolute cap at the pointed end. The junctional complex is strengthened by ring-like structures of dematin in the middle actin layers and by patterned periodic interactions with tropomyosin over its entire length. This work serves as a structural framework for understanding the assembly and dynamics of membrane skeleton and offers insights into mechanisms of various ubiquitous F-actin-binding factors in other F-actin systems.
リンクCell / PubMed:37044097
手法EM (単粒子)
解像度2.96 - 9.5 Å
構造データ

EMDB-35301, PDB-8iah:
Structure of mammalian spectrin-actin junctional complex of membrane skeleton, State I, Global map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-35302, PDB-8iai:
Structure of mammalian spectrin-actin junctional complex of membrane skeleton, State II, Global map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-35303: Structure of mammalian spectrin-actin junctional complex of membrane skeleton, Pointed-end segment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

EMDB-35305: Structure of mammalian spectrin-actin junctional complex of membrane skeleton, Central segment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-35307: Structure of mammalian spectrin-actin junctional complex of membrane skeleton, Pointed-end segment, TMCC1 optimized
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-35308: Structure of mammalian spectrin-actin junctional complex of membrane skeleton, Pointed-end segment, TMCC2 optimized
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-35311: Structure of mammalian spectrin-actin junctional complex of membrane skeleton, Central segment, TMCC1 optimized
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-35312: Structure of mammalian spectrin-actin junctional complex of membrane skeleton, Central segment, TMCC2 optimized
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-35317: Structure of mammalian spectrin-actin junctional complex of membrane skeleton, State I, Barbed-end segment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-35318: Structure of mammalian spectrin-actin junctional complex of membrane skeleton, State I, Barbed-end segment, adducin optimized
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-35319: Structure of mammalian spectrin-actin junctional complex of membrane skeleton, State I, Barbed-end segment, TMCC1 optimized
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-35320: Structure of mammalian spectrin-actin junctional complex of membrane skeleton, State I, Barbed-end segment, TMCC2 optimized
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-35321: Structure of mammalian spectrin-actin junctional complex of membrane skeleton, State I, Barbed-end segment, the second spectrin repeat dimer optimized
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-35322: Structure of mammalian spectrin-actin junctional complex of membrane skeleton, State I, Barbed-end segment, the first two spectrin repeat dimers optimized
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-35324: Structure of mammalian spectrin-actin junctional complex of membrane skeleton, State I, Barbed-end segment, the third to fifth spectrin repeat dimers optimized
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.5 Å

EMDB-35325: Structure of mammalian spectrin-actin junctional complex of membrane skeleton, State II, Barbed-end segment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-35327: Structure of mammalian spectrin-actin junctional complex of membrane skeleton, State II, Barbed-end segment, adducin/TMCC1 optimized
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-35329, PDB-8ib2:
Structure of mammalian spectrin-actin junctional complex of membrane skeleton, Pointed-end segment, headpiece domain of dematin optimized
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

由来
  • sus scrofa (ブタ)
  • pig (ブタ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Macrocomplex / membrane skeleton / spectrin-actin junction

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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