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タイトルStructure determination by cryoEM at 100 keV.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 120, Issue 49, Page e2312905120, Year 2023
掲載日2023年12月5日
著者Greg McMullan / Katerina Naydenova / Daniel Mihaylov / Keitaro Yamashita / Mathew J Peet / Hugh Wilson / Joshua L Dickerson / Shaoxia Chen / Giuseppe Cannone / Yang Lee / Katherine A Hutchings / Olivia Gittins / Mohamed A Sobhy / Torquil Wells / Mohamed M El-Gomati / Jason Dalby / Matthias Meffert / Clemens Schulze-Briese / Richard Henderson / Christopher J Russo /
PubMed 要旨Electron cryomicroscopy can, in principle, determine the structures of most biological molecules but is currently limited by access, specimen preparation difficulties, and cost. We describe a purpose- ...Electron cryomicroscopy can, in principle, determine the structures of most biological molecules but is currently limited by access, specimen preparation difficulties, and cost. We describe a purpose-built instrument operating at 100 keV-including advances in electron optics, detection, and processing-that makes structure determination fast and simple at a fraction of current costs. The instrument attains its theoretical performance limits, allowing atomic resolution imaging of gold test specimens and biological molecular structure determination in hours. We demonstrate its capabilities by determining the structures of eleven different specimens, ranging in size from 140 kDa to 2 MDa, using a fraction of the data normally required. CryoEM with a microscope designed specifically for high-efficiency, on-the-spot imaging of biological molecules will expand structural biology to a wide range of previously intractable problems.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:38011573 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 4.5 Å
構造データ

17958

8pv9

EMDB-17958, PDB-8pv9:
Structure of DPS determined by cryoEM at 100 keV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

17959

8pva

EMDB-17959, PDB-8pva:
Structure of bacterial ribosome determined by cryoEM at 100 keV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

17960

8pvb

EMDB-17960, PDB-8pvb:
Structure of GABAAR determined by cryoEM at 100 keV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

17961

8pvc

EMDB-17961, PDB-8pvc:
Structure of mouse heavy-chain apoferritin determined by cryoEM at 100 keV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

17962

8pvd

EMDB-17962, PDB-8pvd:
Structure of catalase determined by cryoEM at 100 keV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

17963

8pve

EMDB-17963, PDB-8pve:
Structure of AHIR determined by cryoEM at 100 keV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

17964

8pvf

EMDB-17964, PDB-8pvf:
Structure of GAPDH determined by cryoEM at 100 keV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

17965

8pvg

EMDB-17965, PDB-8pvg:
Structure of E. coli glutamine synthetase determined by cryoEM at 100 keV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

17966

8pvh

EMDB-17966, PDB-8pvh:
Structure of human apo ALDH1A1 determined by cryoEM at 100 keV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

17967

8pvi

EMDB-17967, PDB-8pvi:
Structure of PaaZ determined by cryoEM at 100 keV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

17968

8pvj

EMDB-17968, PDB-8pvj:
Structure of lumazine synthase determined by cryoEM at 100 keV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-R16:
HEXADECANE / ヘキサデカン / ヘキサデカン

ChemComp-D10:
DECANE / デカン / デカン

ChemComp-HSM:
HISTAMINE / ヒスタミン / 神経伝達物質, ホルモン*YM / ヒスタミン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-V8D:
Etomidate / エトミダ-ト / エトミデート

ChemComp-FE:
Unknown entry / 鉄

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme B

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
  • cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
  • aquifex aeolicus (バクテリア)
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / RIBOSOME (リボソーム) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Pentameric ligand-gated ion channel / Neurotrasmitter receptor / GABA(A) receptor / METAL BINDING PROTEIN / Iron storage / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / GAPDH / BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Glutamine synthetase (グルタミンシンテターゼ) / filament / Oxidoreductase Aldehyde dehydrogenase / HYDROLASE (加水分解酵素) / substrate channeling / bi-functional enzyme / dehydrogenase (脱水素酵素) / TRANSFERASE (転移酵素) / LUMAZINE SYNTHASE

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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