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Structure paper

タイトルConstitutive activation mechanism of a class C GPCR.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 31, Issue 4, Page 678-687, Year 2024
掲載日2024年2月8日
著者Jinwoo Shin / Junhyeon Park / Jieun Jeong / Jordy Homing Lam / Xingyu Qiu / Di Wu / Kuglae Kim / Joo-Youn Lee / Carol V Robinson / Jaekyung Hyun / Vsevolod Katritch / Kwang Pyo Kim / Yunje Cho /
PubMed 要旨Class C G-protein-coupled receptors (GPCRs) are activated through binding of agonists to the large extracellular domain (ECD) followed by rearrangement of the transmembrane domains (TMDs). GPR156, a ...Class C G-protein-coupled receptors (GPCRs) are activated through binding of agonists to the large extracellular domain (ECD) followed by rearrangement of the transmembrane domains (TMDs). GPR156, a class C orphan GPCR, is unique because it lacks an ECD and exhibits constitutive activity. Impaired GPR156-G signaling contributes to loss of hearing. Here we present the cryo-electron microscopy structures of human GPR156 in the G-free and G-coupled states. We found that an endogenous phospholipid molecule is located within each TMD of the GPR156 dimer. Asymmetric binding of Gα to the phospholipid-bound GPR156 dimer restructures the first and second intracellular loops and the carboxy-terminal part of the elongated transmembrane 7 (TM7) without altering dimer conformation. Our findings reveal that GPR156 is a transducer for phospholipid signaling. Constant binding of abundant phospholipid molecules and the G-protein-induced reshaping of the cytoplasmic face provide a basis for the constitutive activation of GPR156.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:38332368
手法EM (単粒子)
解像度2.61 - 3.33 Å
構造データ

EMDB-35377, PDB-8ieb:
Cryo-EM structure of GPR156 of GPR156-miniGo-scFv16 complex (local refine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

EMDB-35378, PDB-8iec:
Cryo-EM structure of miniGo-scFv16 of GPR156-miniGo-scFv16 complex (local refine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

EMDB-35380, PDB-8ied:
Cryo-EM structure of GPR156-miniGo-scFv16 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

EMDB-35382, PDB-8iei:
Cryo-EM structure of GPR156A/B of G-protein free GPR156 (local refine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.62 Å

EMDB-35389, PDB-8iep:
Cryo-EM structure of GPR156C/D of G-protein free GPR156 (local refine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.61 Å

EMDB-35390, PDB-8ieq:
Cryo-EM structure of G-protein free GPR156
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

化合物

PDB-1lya:
CRYSTAL STRUCTURES OF NATIVE AND INHIBITED FORMS OF HUMAN CATHEPSIN D: IMPLICATIONS FOR LYSOSOMAL TARGETING AND DRUG DESIGN

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Membrane protein (膜タンパク質) / G-protein coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / Signal transduction (シグナル伝達) / Phospholipid (リン脂質)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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