[日本語] English
文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルFlagellin outer domain dimerization modulates motility in pathogenic and soil bacteria from viscous environments.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 1422, Year 2022
掲載日2022年3月17日
著者Mark A B Kreutzberger / Richard C Sobe / Amber B Sauder / Sharanya Chatterjee / Alejandro Peña / Fengbin Wang / Jorge A Giron / Volker Kiessling / Tiago R D Costa / Vincent P Conticello / Gad Frankel / Melissa M Kendall / Birgit E Scharf / Edward H Egelman /
PubMed 要旨Flagellar filaments function as the propellers of the bacterial flagellum and their supercoiling is key to motility. The outer domains on the surface of the filament are non-critical for motility in ...Flagellar filaments function as the propellers of the bacterial flagellum and their supercoiling is key to motility. The outer domains on the surface of the filament are non-critical for motility in many bacteria and their structures and functions are not conserved. Here, we show the atomic cryo-electron microscopy structures for flagellar filaments from enterohemorrhagic Escherichia coli O157:H7, enteropathogenic E. coli O127:H6, Achromobacter, and Sinorhizobium meliloti, where the outer domains dimerize or tetramerize to form either a sheath or a screw-like surface. These dimers are formed by 180° rotations of half of the outer domains. The outer domain sheath (ODS) plays a role in bacterial motility by stabilizing an intermediate waveform and prolonging the tumbling of E. coli cells. Bacteria with these ODS and screw-like flagellar filaments are commonly found in soil and human intestinal environments of relatively high viscosity suggesting a role for the dimerization in these environments.
リンクNat Commun / PubMed:35301306 / PubMed Central
手法EM (らせん対称) / EM (単粒子)
解像度3.5 - 7.7 Å
構造データ

EMDB-25211, PDB-7sn4:
Cryo-EM structure of the enterohemorrhagic E. coli O157:H7 flagellar filament
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-25212:
Cryo-EM structure of the N319F, N323F EHEC O157:H7 flagellar filament
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 7.7 Å

EMDB-25213, PDB-7sn7:
Cryo-EM structure of the enteropathogenic E. coli O127:H6 flagellar filament
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-25215, PDB-7sn9:
Cryo-EM structure of the Sinorhizobium meliloti flagellar filament
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-25382, PDB-7sqd:
Cryo-EM structure of the Achromobacter flagellar filament
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-25386, PDB-7sqj:
Cryo-EM structure of the seam subunits of the enteropathogenic E. coli O127:H6 flagellar filament
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.3 Å

EMDB-25388:
Cryo-EM map of the EHEC O157:H7 flagellar filament outer domain sheath with D1 symmetry
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.6 Å

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli o157:h7 (大腸菌)
  • escherichia coli o127:h6 (大腸菌)
  • sinorhizobium meliloti (根粒菌)
  • achromobacter sp. (バクテリア)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Bacteria flagellar filament / motility (運動性) / flagellar polymorphism / Bacterial flagella (鞭毛) / soil

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る