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タイトルStructural basis of mechano-chemical coupling by the mitotic kinesin KIF14.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 3637, Year 2021
掲載日2021年6月15日
著者Matthieu P M H Benoit / Ana B Asenjo / Mohammadjavad Paydar / Sabin Dhakal / Benjamin H Kwok / Hernando Sosa /
PubMed 要旨KIF14 is a mitotic kinesin whose malfunction is associated with cerebral and renal developmental defects and several cancers. Like other kinesins, KIF14 couples ATP hydrolysis and microtubule binding ...KIF14 is a mitotic kinesin whose malfunction is associated with cerebral and renal developmental defects and several cancers. Like other kinesins, KIF14 couples ATP hydrolysis and microtubule binding to the generation of mechanical work, but the coupling mechanism between these processes is still not fully clear. Here we report 20 high-resolution (2.7-3.9 Å) cryo-electron microscopy KIF14-microtubule structures with complementary functional assays. Analysis procedures were implemented to separate coexisting conformations of microtubule-bound monomeric and dimeric KIF14 constructs. The data provide a comprehensive view of the microtubule and nucleotide induced KIF14 conformational changes. It shows that: 1) microtubule binding, the nucleotide species, and the neck-linker domain govern the transition between three major conformations of the motor domain; 2) an undocked neck-linker prevents the nucleotide-binding pocket to fully close and dampens ATP hydrolysis; 3) 13 neck-linker residues are required to assume a stable docked conformation; 4) the neck-linker position controls the hydrolysis rather than the nucleotide binding step; 5) the two motor domains of KIF14 dimers adopt distinct conformations when bound to the microtubule; and 6) the formation of the two-heads-bound-state introduces structural changes in both motor domains of KIF14 dimers. These observations provide the structural basis for a coordinated chemo-mechanical kinesin translocation model.
リンクNat Commun / PubMed:34131133 / PubMed Central
手法EM (らせん対称)
解像度2.7 - 3.9 Å
構造データ

EMDB-21932, PDB-6wwe:
Apo KIF14[391-772] in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-21933, PDB-6wwf:
KIF14[391-772] - ADP in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-21934, PDB-6wwg:
KIF14[391-772] dimer two-heads-bound state - ADP-AlFx in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-21935, PDB-6wwh:
KIF14[391-772] dimer two-heads-bound state - AMP-PNP in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-21936, PDB-6wwi:
Apo KIF14[391-755] in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-21937, PDB-6wwj:
KIF14[391-755] - ADP in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-21938, PDB-6wwk:
KIF14[391-755] dimer two-heads-bound state - ADP-AlFx in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-21939, PDB-6wwl:
KIF14[391-755] dimer two-heads-bound state - AMP-PNP in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-21940, PDB-6wwm:
KIF14[391-748] - ADP in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-21941, PDB-6wwn:
KIF14[391-748] - ADP-AlFx in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-21942, PDB-6wwo:
KIF14[391-748] - AMP-PNP in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-21943, PDB-6wwp:
Apo KIF14[391-743] in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-21944, PDB-6wwq:
KIF14[391-743] - ADP in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-21945, PDB-6wwr:
Kif14[391-743] - ADP-AlFx open state class in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-21946, PDB-6wws:
Kif14[391-743] - AMP-PNP open state class in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-21947, PDB-6wwt:
Apo KIF14[391-735] in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-21948, PDB-6wwu:
KIF14[391-735] - ADP-AlFx in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-21949, PDB-6wwv:
KIF14[391-735] - ANP-PNP in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-23540, PDB-7lvq:
KIF14[391-743] - AMP-PNP closed state class in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-23541, PDB-7lvr:
KIF14[391-743] - ADP-AlFx closed state class in complex with a microtubule
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン二リン酸

ChemComp-TA1:
TAXOL / パクリタキセル / 薬剤, 化学療法薬*YM / パクリタキセル

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-AF3:
ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム / フッ化アルミニウム

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • sus scrofa (ブタ)
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / KIF14 / kinesin (キネシン) / motility (運動性) / microtubule (微小管) / tubulin (チューブリン)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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