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タイトルStructural mechanism of synergistic targeting of the CX3CR1 nucleosome by PU.1 and C/EBPα.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 31, Issue 4, Page 633-643, Year 2024
掲載日2024年1月24日
著者Tengfei Lian / Ruifang Guan / Bing-Rui Zhou / Yawen Bai /
PubMed 要旨Pioneer transcription factors are vital for cell fate changes. PU.1 and C/EBPα work together to regulate hematopoietic stem cell differentiation. However, how they recognize in vivo nucleosomal DNA ...Pioneer transcription factors are vital for cell fate changes. PU.1 and C/EBPα work together to regulate hematopoietic stem cell differentiation. However, how they recognize in vivo nucleosomal DNA targets remains elusive. Here we report the structures of the nucleosome containing the mouse genomic CX3CR1 enhancer DNA and its complexes with PU.1 alone and with both PU.1 and the C/EBPα DNA binding domain. Our structures reveal that PU.1 binds the DNA motif at the exit linker, shifting 17 bp of DNA into the core region through interactions with H2A, unwrapping ~20 bp of nucleosomal DNA. C/EBPα binding, aided by PU.1's repositioning, unwraps ~25 bp of entry DNA. The PU.1 Q218H mutation, linked to acute myeloid leukemia, disrupts PU.1-H2A interactions. PU.1 and C/EBPα jointly displace linker histone H1 and open the H1-condensed nucleosome array. Our study unveils how two pioneer factors can work cooperatively to open closed chromatin by altering DNA positioning in the nucleosome.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:38267599
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 4.1 Å
構造データ

28629

8evh

EMDB-28629, PDB-8evh:
CX3CR1 nucleosome and wild type PU.1 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

28630

8evi

EMDB-28630, PDB-8evi:
CX3CR1 nucleosome and PU.1 complex containing disulfide bond mutations
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.64 Å

28631

8evj

EMDB-28631, PDB-8evj:
CX3CR1 nucleosome bound PU.1 and C/EBPa
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

40889

8syp

EMDB-40889, PDB-8syp:
Genomic CX3CR1 nucleosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / nucleosome (ヌクレオソーム) / transcription factor (転写因子) / transcription (転写 (生物学)) / chromatin binding protein-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex / TRANSCRIPTION-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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