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タイトルA linker protein from a red-type pyrenoid phase separates with Rubisco via oligomerizing sticker motifs.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 120, Issue 25, Page e2304833120, Year 2023
掲載日2023年6月20日
著者Zhen Guo Oh / Warren Shou Leong Ang / Cheng Wei Poh / Soak-Kuan Lai / Siu Kwan Sze / Hoi-Yeung Li / Shashi Bhushan / Tobias Wunder / Oliver Mueller-Cajar /
PubMed 要旨The slow kinetics and poor substrate specificity of the key photosynthetic CO-fixing enzyme Rubisco have prompted the repeated evolution of Rubisco-containing biomolecular condensates known as ...The slow kinetics and poor substrate specificity of the key photosynthetic CO-fixing enzyme Rubisco have prompted the repeated evolution of Rubisco-containing biomolecular condensates known as pyrenoids in the majority of eukaryotic microalgae. Diatoms dominate marine photosynthesis, but the interactions underlying their pyrenoids are unknown. Here, we identify and characterize the Rubisco linker protein PYCO1 from . PYCO1 is a tandem repeat protein containing prion-like domains that localizes to the pyrenoid. It undergoes homotypic liquid-liquid phase separation (LLPS) to form condensates that specifically partition diatom Rubisco. Saturation of PYCO1 condensates with Rubisco greatly reduces the mobility of droplet components. Cryo-electron microscopy and mutagenesis data revealed the sticker motifs required for homotypic and heterotypic phase separation. Our data indicate that the PYCO1-Rubisco network is cross-linked by PYCO1 stickers that oligomerize to bind to the small subunits lining the central solvent channel of the Rubisco holoenzyme. A second sticker motif binds to the large subunit. Pyrenoidal Rubisco condensates are highly diverse and tractable models of functional LLPS.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:37311001 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.0 - 2.6 Å
構造データ

33887

7yk5

EMDB-33887, PDB-7yk5:
Rubisco from Phaeodactylum tricornutum bound to PYCO1(452-592)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.0 Å

EMDB-35158: Rubisco from Phaeodactylum tricornutum
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.0 Å

EMDB-35159: PYCO1(452-592) from Phaeodactylum tricornutum
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-35166: Rubisco from Phaeodactylum tricornutum bound to PYCO1(452-592)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

化合物

ChemComp-CAP:
2-CARBOXYARABINITOL-1,5-DIPHOSPHATE / 2-カルボキシ-D-アラビニト-ル1,5-ビスりん酸

由来
  • phaeodactylum tricornutum (海洋性珪藻)
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / Rubisco (リブロース1,5-ビスリン酸カルボキシラーゼ/オキシゲナーゼ) / phase separation / rubisco linker protein / condensation (凝縮) / pyrenoid (ピレノイド) / phaeodactylum tricornutum (フェオダクチラム)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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