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タイトルC-Glycoside metabolism in the gut and in nature: Identification, characterization, structural analyses and distribution of C-C bond-cleaving enzymes.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 6294, Year 2021
掲載日2021年11月2日
著者Takahiro Mori / Takuto Kumano / Haibing He / Satomi Watanabe / Miki Senda / Toshio Moriya / Naruhiko Adachi / Sanae Hori / Yuzu Terashita / Masato Kawasaki / Yoshiteru Hashimoto / Takayoshi Awakawa / Toshiya Senda / Ikuro Abe / Michihiko Kobayashi /
PubMed 要旨C-Glycosides, in which a sugar moiety is linked via a carbon-carbon (C-C) bond to a non-sugar moiety (aglycone), are found in our food and medicine. The C-C bond is cleaved by intestinal microbes and ...C-Glycosides, in which a sugar moiety is linked via a carbon-carbon (C-C) bond to a non-sugar moiety (aglycone), are found in our food and medicine. The C-C bond is cleaved by intestinal microbes and the resulting aglycones exert various bioactivities. Although the enzymes responsible for the reactions have been identified, their catalytic mechanisms and the generality of the reactions in nature remain to be explored. Here, we present the identification and structural basis for the activation of xenobiotic C-glycosides by heterocomplex C-deglycosylation enzymes from intestinal and soil bacteria. They are found to be metal-dependent enzymes exhibiting broad substrate specificity toward C-glycosides. X-ray crystallographic and cryo-electron microscopic analyses, as well as structure-based mutagenesis, reveal the structural details of these enzymes and the detailed catalytic mechanisms of their remarkable C-C bond cleavage reactions. Furthermore, bioinformatic and biochemical analyses suggest that the C-deglycosylation enzymes are widely distributed in the gut, soil, and marine bacteria.
リンクNat Commun / PubMed:34728636 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.4 - 2.85 Å
構造データ

30808

7drd

EMDB-30808, PDB-7drd:
Cryo-EM structure of DgpB-C at 2.85 angstrom resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

30809

7dre

EMDB-30809, PDB-7dre:
Cryo-EM structure of DfgA-B at 2.54 angstrom resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.54 Å

PDB-7bvr:
DgpB-DgpC complex apo
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-7bvs:
DfgA-DfgB complex apo
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.85 Å

PDB-7exb:
DfgA-DfgB complex apo 2.4 angstrom
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-7exz:
DgpB-DgpC complex apo 2.5 angstrom
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

化合物

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル / グリセリン

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-EPE:
4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / pH緩衝剤*YM / HEPES

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

由来
  • human intestinal bacterium pue (バクテリア)
  • Eubacterium cellulosolvens (バクテリア)
  • [Eubacterium] cellulosolvens (バクテリア)
  • [eubacterium] cellulosolvens 6 (バクテリア)
キーワードLYASE (リアーゼ) / C-deglycosylation / sugar phosphate isomerase/epimerase / BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / C-deglycosylase / sugar-isomerase-like

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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