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タイトルStructure of V-ATPase from the mammalian brain.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 367, Issue 6483, Page 1240-1246, Year 2020
掲載日2020年3月13日
著者Yazan M Abbas / Di Wu / Stephanie A Bueler / Carol V Robinson / John L Rubinstein /
PubMed 要旨In neurons, the loading of neurotransmitters into synaptic vesicles uses energy from proton-pumping vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases). These membrane protein complexes ...In neurons, the loading of neurotransmitters into synaptic vesicles uses energy from proton-pumping vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases). These membrane protein complexes possess numerous subunit isoforms, which complicates their analysis. We isolated homogeneous rat brain V-ATPase through its interaction with SidK, a effector protein. Cryo-electron microscopy allowed the construction of an atomic model, defining the enzyme's ATP:proton ratio as 3:10 and revealing a homolog of yeast subunit f in the membrane region, which we tentatively identify as RNAseK. The c ring encloses the transmembrane anchors for cleaved ATP6AP1/Ac45 and ATP6AP2/PRR, the latter of which is the (pro)renin receptor that, in other contexts, is involved in both Wnt signaling and the renin-angiotensin system that regulates blood pressure. This structure shows how ATP6AP1/Ac45 and ATP6AP2/PRR enable assembly of the enzyme's catalytic and membrane regions.
リンクScience / PubMed:32165585 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 5.7 Å
構造データ

21317

6vq6

EMDB-21317: Mammalian V-ATPase from rat brain with the Legionella pneumophila effector protein SidK - rotational state 1 non-uniform refinement
PDB-6vq6: Mammalian V-ATPase from rat brain - composite model of rotational state 1 bound to ADP and SidK (built from focused refinement models)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

21318

6vq7

EMDB-21318: Mammalian V-ATPase from rat brain with the Legionella pneumophila effector protein SidK - rotational state 2 non-uniform refinement
PDB-6vq7: Mammalian V-ATPase from rat brain - composite model of rotational state 2 bound to ADP and SidK (built from focused refinement models)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

21319

6vq8

EMDB-21319: Mammalian V-ATPase from rat brain with the Legionella pneumophila effector protein SidK - rotational state 3 non-uniform refinement
PDB-6vq8: Mammalian V-ATPase from rat brain - composite model of rotational state 3 bound to ADP and SidK (built from focused refinement models)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

21345

6vq9

EMDB-21345, PDB-6vq9:
Mammalian V-ATPase from rat brain soluble V1 region rotational state 1 with SidK and ADP (from focused refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

21346

6vqa

EMDB-21346, PDB-6vqa:
Mammalian V-ATPase from rat brain soluble V1 region rotational state 2 with SidK and ADP (from focused refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

21347

6vqb

EMDB-21347, PDB-6vqb:
Mammalian V-ATPase from rat brain soluble V1 region rotational state 2 with SidK and ADP (from focused refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

21348

6vqc

EMDB-21348, PDB-6vqc:
Mammalian V-ATPase from rat brain membrane-embedded Vo region rotational state 1 (from focused refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

21349

6vqg

EMDB-21349, PDB-6vqg:
Mammalian V-ATPase from rat brain membrane-embedded Vo region rotational state 2 (from focused refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

21350

6vqh

EMDB-21350, PDB-6vqh:
Mammalian V-ATPase from rat brain membrane-embedded Vo region rotational state 3 (from focused refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

21351

6vqi

EMDB-21351, PDB-6vqi:
Mammalian V-ATPase from rat brain collar and peripheral stalks rotational state 1 (from focused refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

21352

6vqj

EMDB-21352, PDB-6vqj:
Mammalian V-ATPase from rat brain collar and peripheral stalks rotational state 2 (from focused refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

21353

6vqk

EMDB-21353, PDB-6vqk:
Mammalian V-ATPase from rat brain collar and peripheral stalks rotational state 3 (from focused refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

化合物

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain philadelphia 1 / atcc 33152 / dsm 7513) (レジオネラ・ニューモフィラ)
キーワードPROTON TRANSPORT (プロトンポンプ) / membrane protein complex (生体膜) / rotary atpase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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