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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vq6 | ||||||
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タイトル | Mammalian V-ATPase from rat brain - composite model of rotational state 1 bound to ADP and SidK (built from focused refinement models) | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTON TRANSPORT (プロトンポンプ) / membrane protein complex (生体膜) / rotary atpase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / ヒトの虹彩の色 / central nervous system maturation / Transferrin endocytosis and recycling / Ion channel transport / Amino acids regulate mTORC1 / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / transporter activator activity / negative regulation of autophagic cell death / Insulin receptor recycling ...Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / ヒトの虹彩の色 / central nervous system maturation / Transferrin endocytosis and recycling / Ion channel transport / Amino acids regulate mTORC1 / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / transporter activator activity / negative regulation of autophagic cell death / Insulin receptor recycling / RHOA GTPase cycle / rostrocaudal neural tube patterning / cellular response to increased oxygen levels / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / synaptic vesicle lumen acidification / endosome to plasma membrane protein transport / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / P-type proton-exporting transporter activity / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / lysosomal lumen acidification / intracellular organelle / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / clathrin-coated vesicle membrane / vacuolar transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / endosomal lumen acidification / NURF complex / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / head morphogenesis / vacuolar acidification / protein localization to cilium / transmembrane transporter complex / dendritic spine membrane / regulation of cellular pH / osteoclast development / ROS and RNS production in phagocytes / Neutrophil degranulation / ATPase complex / ATPase activator activity / autophagosome membrane / regulation of MAPK cascade / 微絨毛 / MLL1 complex / cilium assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / angiotensin maturation / regulation of macroautophagy / axon terminus / ATP metabolic process / ATP合成酵素 / RNA endonuclease activity / ruffle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / receptor-mediated endocytosis / 分泌 / 繊毛 / transmembrane transport / terminal bouton / synaptic vesicle membrane / small GTPase binding / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / メラノソーム / シナプス小胞 / apical part of cell / signaling receptor activity / cell body / ATPase binding / postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / リソソーム / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / apical plasma membrane / lysosomal membrane / 神経繊維 / external side of plasma membrane / 中心体 / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / extracellular space / 核質 / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Legionella pneumophila subsp. pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Abbas, Y.M. / Rubinstein, J.L. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2020 タイトル: Structure of V-ATPase from the mammalian brain. 著者: Yazan M Abbas / Di Wu / Stephanie A Bueler / Carol V Robinson / John L Rubinstein / 要旨: In neurons, the loading of neurotransmitters into synaptic vesicles uses energy from proton-pumping vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases). These membrane protein complexes ...In neurons, the loading of neurotransmitters into synaptic vesicles uses energy from proton-pumping vesicular- or vacuolar-type adenosine triphosphatases (V-ATPases). These membrane protein complexes possess numerous subunit isoforms, which complicates their analysis. We isolated homogeneous rat brain V-ATPase through its interaction with SidK, a effector protein. Cryo-electron microscopy allowed the construction of an atomic model, defining the enzyme's ATP:proton ratio as 3:10 and revealing a homolog of yeast subunit f in the membrane region, which we tentatively identify as RNAseK. The c ring encloses the transmembrane anchors for cleaved ATP6AP1/Ac45 and ATP6AP2/PRR, the latter of which is the (pro)renin receptor that, in other contexts, is involved in both Wnt signaling and the renin-angiotensin system that regulates blood pressure. This structure shows how ATP6AP1/Ac45 and ATP6AP2/PRR enable assembly of the enzyme's catalytic and membrane regions. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vq6.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vq6.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vq6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/6vq6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/6vq6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 21317MC 6vq7C 6vq8C 6vq9C 6vqaC 6vqbC 6vqcC 6vqgC 6vqhC 6vqiC 6vqjC 6vqkC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-ATPase H+-transporting V1 subunit ... , 2種, 4分子 ABCH
#1: タンパク質 | 分子量: 68341.836 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: D4A133 #4: タンパク質 | | 分子量: 28359.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6P503 |
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-V-type proton ATPase ... , 10種, 24分子 DEFGIJKLMNOacdeghijklmno
#2: タンパク質 | 分子量: 56611.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62815 #3: タンパク質 | | 分子量: 43958.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q5FVI6 #5: タンパク質 | 分子量: 26167.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6PCU2 #6: タンパク質 | | 分子量: 13389.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P50408 #7: タンパク質 | 分子量: 13690.476 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q8R2H0 #9: タンパク質 | | 分子量: 96429.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P25286 #11: タンパク質 | | 分子量: 51160.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: O54715 #12: タンパク質 | | 分子量: 40341.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q5M7T6 #13: タンパク質 | | 分子量: 9203.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q5EB76 #15: タンパク質 | 分子量: 15815.833 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P63081 |
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-タンパク質 , 4種, 6分子 QRSbfp
#8: タンパク質 | 分子量: 34693.605 Da / 分子数: 3 / Fragment: N-terminal fragment with 3x FLAG tag / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (レジオネラ・ニューモフィラ) 株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg0968 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZWW6 #10: タンパク質 | | 分子量: 21618.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: B0K022 #14: タンパク質 | | 分子量: 11000.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: D3ZIM6 #16: タンパク質 | | 分子量: 39118.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6AXS4 |
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-非ポリマー , 2種, 2分子
#17: 化合物 | ChemComp-ADP / |
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#18: 化合物 | ChemComp-MG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Rat brain V-ATPase complex bound to the Legionella pneumophila effector protein SidK タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 43 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 90648 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | 詳細: Final composite model was built from focused refinement models that were built into their corresponding focused refinement maps and subsequently aligned against the overall map before ...詳細: Final composite model was built from focused refinement models that were built into their corresponding focused refinement maps and subsequently aligned against the overall map before combining into the composite model. The composite model was not refined against the data. |