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Structure paper

タイトルStructure of the two-component S-layer of the archaeon .
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 13, Year 2024
掲載日2024年1月22日
著者Lavinia Gambelli / Mathew McLaren / Rebecca Conners / Kelly Sanders / Matthew C Gaines / Lewis Clark / Vicki A M Gold / Daniel Kattnig / Mateusz Sikora / Cyril Hanus / Michail N Isupov / Bertram Daum /
PubMed 要旨Surface layers (S-layers) are resilient two-dimensional protein lattices that encapsulate many bacteria and most archaea. In archaea, S-layers usually form the only structural component of the cell ...Surface layers (S-layers) are resilient two-dimensional protein lattices that encapsulate many bacteria and most archaea. In archaea, S-layers usually form the only structural component of the cell wall and thus act as the final frontier between the cell and its environment. Therefore, S-layers are crucial for supporting microbial life. Notwithstanding their importance, little is known about archaeal S-layers at the atomic level. Here, we combined single-particle cryo electron microscopy, cryo electron tomography, and Alphafold2 predictions to generate an atomic model of the two-component S-layer of . The outer component of this S-layer (SlaA) is a flexible, highly glycosylated, and stable protein. Together with the inner and membrane-bound component (SlaB), they assemble into a porous and interwoven lattice. We hypothesise that jackknife-like conformational changes in SlaA play important roles in S-layer assembly.
リンクElife / PubMed:38251732 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / EM (サブトモグラム平均)
解像度3.1 - 11.2 Å
構造データ

14635

7zcx

EMDB-14635, PDB-7zcx:
S-layer protein SlaA from Sulfolobus acidocaldarius at pH 4.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

15530

8an2

EMDB-15530, PDB-8an2:
S-layer protein SlaA from Sulfolobus acidocaldarius at pH 10.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

15531

8an3

EMDB-15531, PDB-8an3:
S-layer protein SlaA from Sulfolobus acidocaldarius at pH 7.0
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

18127

8qox

8qp0

EMDB-18127: S-layer of archaeon Sulfolobus acidocaldarius by subtomogram averaging
PDB-8qox: Two-component assembly of SlaA and SlaB S-layer proteins of Sulfolobus acidocaldarius
PDB-8qp0: A hexamer pore in the S-layer of Sulfolobus acidocaldarius formed by SlaA protein
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.2 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-YZT:
6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose / 6-スルホ-6-デオキシ-β-D-グルコピラノ-ス

由来
  • sulfolobus acidocaldarius dsm 639 (好気性・好酸性)
  • sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / S-layer (S層) / dimer / N-glycosylation (N-結合型グリコシル化) / archea

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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