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Structure paper

タイトルAn atlas of protein homo-oligomerization across domains of life.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 187, Issue 4, Page 999-1010.e15, Year 2024
掲載日2024年2月15日
著者Hugo Schweke / Martin Pacesa / Tal Levin / Casper A Goverde / Prasun Kumar / Yoan Duhoo / Lars J Dornfeld / Benjamin Dubreuil / Sandrine Georgeon / Sergey Ovchinnikov / Derek N Woolfson / Bruno E Correia / Sucharita Dey / Emmanuel D Levy /
PubMed 要旨Protein structures are essential to understanding cellular processes in molecular detail. While advances in artificial intelligence revealed the tertiary structure of proteins at scale, their ...Protein structures are essential to understanding cellular processes in molecular detail. While advances in artificial intelligence revealed the tertiary structure of proteins at scale, their quaternary structure remains mostly unknown. We devise a scalable strategy based on AlphaFold2 to predict homo-oligomeric assemblies across four proteomes spanning the tree of life. Our results suggest that approximately 45% of an archaeal proteome and a bacterial proteome and 20% of two eukaryotic proteomes form homomers. Our predictions accurately capture protein homo-oligomerization, recapitulate megadalton complexes, and unveil hundreds of homo-oligomer types, including three confirmed experimentally by structure determination. Integrating these datasets with omics information suggests that a majority of known protein complexes are symmetric. Finally, these datasets provide a structural context for interpreting disease mutations and reveal coiled-coil regions as major enablers of quaternary structure evolution in human. Our strategy is applicable to any organism and provides a comprehensive view of homo-oligomerization in proteomes.
リンクCell / PubMed:38325366
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.85 - 2.8 Å
構造データ

17402

8p49

EMDB-17402, PDB-8p49:
Uncharacterized Q8U0N8 protein from Pyrococcus furiosus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.79 Å

18415

8qhp

EMDB-18415, PDB-8qhp:
Cysteine tRNA ligase homodimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

PDB-8q70:
tRNA pseudouridine synthase A homodimer
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • pyrococcus furiosus dsm 3638 (ピュロコックス・フリオスス)
  • pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
キーワードUNKNOWN FUNCTION / uncharacterized / hexamer (オリゴマー) / pyrococcus (ピュロコックス属) / pore / ISOMERASE (異性化酵素) / pseudouridine (シュードウリジン) / synthase / homodimer / tRNA (転移RNA) / LIGASE (リガーゼ) / cysteine (システイン) / synthetase / RNA (リボ核酸)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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