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Structure paper

タイトルThe native structure of the assembled matrix protein 1 of influenza A virus.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 587, Issue 7834, Page 495-498, Year 2020
掲載日2020年9月9日
著者Julia Peukes / Xiaoli Xiong / Simon Erlendsson / Kun Qu / William Wan / Leslie J Calder / Oliver Schraidt / Susann Kummer / Stefan M V Freund / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs /
PubMed 要旨Influenza A virus causes millions of severe cases of disease during annual epidemics. The most abundant protein in influenza virions is matrix protein 1 (M1), which mediates virus assembly by ...Influenza A virus causes millions of severe cases of disease during annual epidemics. The most abundant protein in influenza virions is matrix protein 1 (M1), which mediates virus assembly by forming an endoskeleton beneath the virus membrane. The structure of full-length M1, and how it oligomerizes to mediate the assembly of virions, is unknown. Here we determine the complete structure of assembled M1 within intact virus particles, as well as the structure of M1 oligomers reconstituted in vitro. We find that the C-terminal domain of M1 is disordered in solution but can fold and bind in trans to the N-terminal domain of another M1 monomer, thus polymerizing M1 into linear strands that coat the interior surface of the membrane of the assembling virion. In the M1 polymer, five histidine residues-contributed by three different monomers of M1-form a cluster that can serve as the pH-sensitive disassembly switch after entry into a target cell. These structures therefore reveal mechanisms of influenza virus assembly and disassembly.
リンクNature / PubMed:32908308 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー) / EM (サブトモグラム平均) / EM (らせん対称)
解像度3.8 - 8.0 Å
構造データ

EMDB-11075:
Tomogram of a influenza A/Hong Kong/1/1968 virions
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-11076:
Tomogram of influenza A/Hong Kong/1/1968 virus like particles (HA,NA,M1,M2)
手法: EM (トモグラフィー)

EMDB-11077:
Structure of the influenza A matrix protein M1 from influenza A/Hong Kong/1/1968 virions
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.0 Å

11078

6z5j

EMDB-11078: The structure of the matrix protein M1 from influenza A/Hong Kong/1/1968 VLPs (HA,NA,M1,M2)
PDB-6z5j: Arrangement of the matrix protein M1 in influenza A/Hong Kong/1/1968 VLPs (HA,NA,M1,M2)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 8.0 Å

11079

6z5l

EMDB-11079, PDB-6z5l:
Helical reconstruction of influenza A virus M1 in complex with nucleic acid.
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 3.8 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
  • influenza a virus (a/puerto rico/8-9nmc3/1934(h1n1)) (A型インフルエンザウイルス)
  • influenza a virus (strain a/puerto rico/8/1934 h1n1) (A型インフルエンザウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Viral matrix protein (基質タンパク質) / Membrane binding / pH Sensor / Polymer (重合体) / M1 / Matrix protein (基質タンパク質) / Influenza virus (オルトミクソウイルス科) / Assembly / ribonucleoprotein complex (核タンパク質)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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