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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1qzd | ||||||
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タイトル | EF-Tu.kirromycin coordinates fitted into the cryo-EM map of EF-Tu ternary complex (GDP.Kirromycin) bound 70S ribosome | ||||||
要素 | Elongation factor Tu | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Elongation factor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 guanyl-nucleotide exchange factor complex / guanosine tetraphosphate binding / translational elongation / translation elongation factor activity / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10 Å | ||||||
データ登録者 | Valle, M. / Zavialov, A. / Li, W. / Stagg, S.M. / Sengupta, J. / Nielsen, R.C. / Nissen, P. / Harvey, S.C. / Ehrenberg, M. / Frank, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Biol / 年: 2003 タイトル: Incorporation of aminoacyl-tRNA into the ribosome as seen by cryo-electron microscopy. 著者: Mikel Valle / Andrey Zavialov / Wen Li / Scott M Stagg / Jayati Sengupta / Rikke C Nielsen / Poul Nissen / Stephen C Harvey / Måns Ehrenberg / Joachim Frank / 要旨: Aminoacyl-tRNAs (aa-tRNAs) are delivered to the ribosome as part of the ternary complex of aa-tRNA, elongation factor Tu (EF-Tu) and GTP. Here, we present a cryo-electron microscopy (cryo-EM) study, ...Aminoacyl-tRNAs (aa-tRNAs) are delivered to the ribosome as part of the ternary complex of aa-tRNA, elongation factor Tu (EF-Tu) and GTP. Here, we present a cryo-electron microscopy (cryo-EM) study, at a resolution of approximately 9 A, showing that during the incorporation of the aa-tRNA into the 70S ribosome of Escherichia coli, the flexibility of aa-tRNA allows the initial codon recognition and its accommodation into the ribosomal A site. In addition, a conformational change observed in the GTPase-associated center (GAC) of the ribosomal 50S subunit may provide the mechanism by which the ribosome promotes a relative movement of the aa-tRNA with respect to EF-Tu. This relative rearrangement seems to facilitate codon recognition by the incoming aa-tRNA, and to provide the codon-anticodon recognition-dependent signal for the GTPase activity of EF-Tu. From these new findings we propose a mechanism that can explain the sequence of events during the decoding of mRNA on the ribosome. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE THE PROTEIN STRUCTURE CONTAINS CA ATOMS ONLY |
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1qzd.cif.gz | 24.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1qzd.ent.gz | 11.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1qzd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1qzd_validation.pdf.gz | 785.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1qzd_full_validation.pdf.gz | 784.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1qzd_validation.xml.gz | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1qzd_validation.cif.gz | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/1qzd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qz/1qzd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43239.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A6N1, UniProt: P0CE48*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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緩衝液 | 名称: Polymix buffer / pH: 7.5 / 詳細: Polymix buffer | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | 詳細: Quantifoil holley carbon film grids | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 詳細: Rapid-freezing in liquid ethane | ||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 電子顕微鏡法 / 詳細: electron microscopy |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 X / 倍率(補正後): 49696 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm |
試料ホルダ | 温度: 93 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: CTF correction of 3D maps by Wiener filteration | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: 3D projection matching; conjugate gradient with regularization 解像度: 10 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 75996 / ピクセルサイズ(実測値): 2.82 Å / 倍率補正: TMV / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL / 詳細: METHOD--Manual fitting in O | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1OB2 Accession code: 1OB2 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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