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Model of the large subunit RNA expansion segment ES27L-out based on a 6.1 A cryo-EM map of Saccharomyces cerevisiae translating 80S ribosome. 3IZD is a small part (an expansion segment) which is in an alternative conformation to what is in already 3IZF.

単粒子再構成法による, 8.6Å分解能

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#1: 登録構造単位, Jmolによる画像

#2: EMマップデータ( EMDB-1669 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolによる画像

#3: EMマップデータ( EMDB-1811 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolによる画像

#4: PDB- との合成表示, Jmolによる画像

#5: PDB-3izb, PDB-3ize, PDB-3izf, PDB-3izs との合成表示, Jmolによる画像

#6: EMマップデータ( EMDB-1811 )との重ね合わせ (+ PDB-3izb, PDB-3ize, PDB-3izf, PDB-3izs), UCSF CHIMERAによる画像

エントリ情報
概要
データベース名・IDPORTEIN DATA BANK (PDB) / 3izd
タイトルModel of the large subunit RNA expansion segment ES27L-out based on a 6.1 A cryo-EM map of Saccharomyces cerevisiae translating 80S ribosome. 3IZD is a small part (an expansion segment) which is in an alternative conformation to what is in already 3IZF.
リボソーム大サブユニットRNA(拡張部位E27L-out状態)のモデル - Saccharomyces cerevisiae(パン酵母)由来 翻訳中の80Sリボソーム - 6.1Å分解能の低温電子顕微鏡マップに基づく
記述子151-MER
キーワードRIBOSOME, eukaryotic ribosome, homology modelling, de novo modeling, ribosomal RNA, rRNA, RNA expansion segments
著者・登録者Armache, J.-P., Jarasch, A., Anger, A.M., Villa, E., Becker, T., Bhushan, S., Jossinet, F., Habeck, M., Dindar, G., Franckenberg, S., Marquez, V., Mielke, T., Thomm, M., Berninghausen, O., Beatrix, B., Soeding, J., Westhof, E., Wilson, D.N., Beckmann, R.
日付登録: 2010-10-13, 公開: 2010-12-01
PDBj Mine pagesSummary, Structural Details, Experimental Details, Functional Details
その他のデータベースRCSB-PDB, PDBe, CATH, CE, FSSP, SCOP, VAST
構造の表現
ムービームービーページ

#1: 登録構造単位, Jmolによる画像

#2: EMマップデータ( EMDB-1669 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolによる画像

#3: EMマップデータ( EMDB-1811 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolによる画像

#4: PDB- との合成表示, Jmolによる画像

#5: PDB-3izb, PDB-3ize, PDB-3izf, PDB-3izs との合成表示, Jmolによる画像

#6: EMマップデータ( EMDB-1811 )との重ね合わせ (+ PDB-3izb, PDB-3ize, PDB-3izf, PDB-3izs), UCSF CHIMERAによる画像

構造ビューア万見, jV4, Jmol, 生物学的単位 (画像, jV)
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文献
引用 - primary
文献Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., Vol. 107, Issue 46, Page 19748-53, Year 2010
タイトルCryo-EM structure and rRNA model of a translating eukaryotic 80S ribosome at 5.5-A resolution.
著者Jean-Paul Armache, Alexander Jarasch, Andreas M Anger, Elizabeth Villa, Thomas Becker, Shashi Bhushan, Fabrice Jossinet, Michael Habeck, Gülcin Dindar, Sibylle Franckenberg, Viter Marquez, Thorsten Mielke, Michael Thomm, Otto Berninghausen, Birgitta Beatrix, Johannes Söding, Eric Westhof, Daniel N Wilson, Roland Beckmann
Gene Center, Department of Biochemistry, Ludwig-Maximilians-Universität München, Feodor-Lynen-Strasse 25, 81377 Munich, Germany.
キーワードCryoelectron Microscopy, Crystallography, X-Ray, Escherichia coli (metabolism), Eukaryotic Cells (metabolism), Humans, Models, Molecular, Protein Biosynthesis, RNA, Ribosomal (ultrastructure), Ribosomes (chemistry), Saccharomyces cerevisiae (metabolism), Triticum (metabolism)
リンクDOI: 10.1073/pnas.1009999107, PubMed: 20980660, PMC: PMC2993355
引用 - 1
文献Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., Vol. 107, Issue 46, Page 19754-9, Year 2010
タイトルLocalization of eukaryote-specific ribosomal proteins in a 5.5-Å cryo-EM map of the 80S eukaryotic ribosome.
著者Jean-Paul Armache, Alexander Jarasch, Andreas M Anger, Elizabeth Villa, Thomas Becker, Shashi Bhushan, Fabrice Jossinet, Michael Habeck, Gülcin Dindar, Sibylle Franckenberg, Viter Marquez, Thorsten Mielke, Michael Thomm, Otto Berninghausen, Birgitta Beatrix, Johannes Söding, Eric Westhof, Daniel N Wilson, Roland Beckmann
Gene Center, Department of Biochemistry, Ludwig-Maximilians-Universität München, Feodor-Lynen-Strasse 25, 81377 Munich, Germany.
キーワードCryoelectron Microscopy, Eukaryotic Cells (metabolism), Evolution, Molecular, Models, Molecular, Protein Transport, RNA, Ribosomal (chemistry), Ribosomal Proteins (metabolism), Ribosomes (metabolism), Saccharomyces cerevisiae (metabolism), Species Specificity, Triticum (metabolism)
リンクDOI: 10.1073/pnas.1010005107, PubMed: 20974910, PMC: PMC2993421
構成要素
ID 1 : rRNA expansion segment ES27L in an "out" conformation
画像
ID1
分子量48721.895 Da
説明rRNA expansion segment ES27L in an "out" conformation
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
通称: yeast
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae

リンクGenBank: U53879.1, Sequence view
試料
試料調製
pH7.5
実験
手法ELECTRON MICROSCOPY
電子顕微鏡
解析
3次元再構成
分解能8.6 A
精密化
Cycle idLAST
Refine idELECTRON MICROSCOPY
合計3044
核酸原子3044
ダウンロード
PDB形式
すべてpdb3izd.ent.gz
pdb3izd.ent (非圧縮ファイル)
ヘッダのみpdb3izd.ent.gz
mmcif形式
mmCIF3izd.cif.gz
XML形式
すべて3izd.xml.gz
No-atom3izd-noatom.xml.gz
Ext-atom3izd-extatom.xml.gz
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