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Model of the large subunit RNA expansion segment ES27L-out based on a 6.1 A cryo-EM map of Saccharomyces cerevisiae translating 80S ribosome. 3IZD is a small part (an expansion segment) which is in an alternative conformation to what is in already 3IZF.

単粒子再構成法による, 8.6Å分解能

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#1: 登録構造単位, Jmolによる画像

#2: EMマップデータ( EMDB-1669 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolによる画像

#3: EMマップデータ( EMDB-1811 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolによる画像

#4: PDB- との合成表示, Jmolによる画像

#5: PDB-4v6i との合成表示, Jmolによる画像

#6: EMマップデータ( EMDB-1811 )との重ね合わせ (+ PDB-4v6i), UCSF CHIMERAによる画像

エントリ情報
概要
データベース名・IDPORTEIN DATA BANK (PDB) / 3izd
タイトルModel of the large subunit RNA expansion segment ES27L-out based on a 6.1 A cryo-EM map of Saccharomyces cerevisiae translating 80S ribosome. 3IZD is a small part (an expansion segment) which is in an alternative conformation to what is in already 3IZF.
リボソーム大サブユニットRNA(拡張部位E27L-out状態)のモデル - Saccharomyces cerevisiae(パン酵母)由来 翻訳中の80Sリボソーム - 6.1Å分解能の低温電子顕微鏡マップに基づく
記述子151-MER
キーワードRIBOSOME, eukaryotic ribosome, homology modelling, de novo modeling, ribosomal RNA, rRNA, RNA expansion segments
著者・登録者Armache, J.-P., Jarasch, A., Anger, A.M., Villa, E., Becker, T., Bhushan, S., Jossinet, F., Habeck, M., Dindar, G., Franckenberg, S., Marquez, V., Mielke, T., Thomm, M., Berninghausen, O., Beatrix, B., Soeding, J., Westhof, E., Wilson, D.N., Beckmann, R.
日付登録: 2010-10-13, 公開: 2010-12-01
PDBj Mine pagesSummary, Structural Details, Experimental Details, Functional Details
その他のデータベースRCSB-PDB, PDBe, FSSP, SCOP
構造の表現
ムービームービーページ

#1: 登録構造単位, Jmolによる画像

#2: EMマップデータ( EMDB-1669 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolによる画像

#3: EMマップデータ( EMDB-1811 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolによる画像

#4: PDB- との合成表示, Jmolによる画像

#5: PDB-4v6i との合成表示, Jmolによる画像

#6: EMマップデータ( EMDB-1811 )との重ね合わせ (+ PDB-4v6i), UCSF CHIMERAによる画像

構造ビューア万見, jV4, Jmol, 生物学的単位 (画像, jV)
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Fit: あてはめのターゲットとして利用したマップ

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文献
引用 - primary
文献Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., Vol. 107, Issue 46, Page 19748-53, Year 2010
タイトルCryo-EM structure and rRNA model of a translating eukaryotic 80S ribosome at 5.5-A resolution.
著者Jean-Paul Armache, Alexander Jarasch, Andreas M Anger, Elizabeth Villa, Thomas Becker, Shashi Bhushan, Fabrice Jossinet, Michael Habeck, Gülcin Dindar, Sibylle Franckenberg, Viter Marquez, Thorsten Mielke, Michael Thomm, Otto Berninghausen, Birgitta Beatrix, Johannes Söding, Eric Westhof, Daniel N Wilson, Roland Beckmann
キーワードCryoelectron Microscopy, Crystallography, X-Ray, Escherichia coli (metabolism), Eukaryotic Cells (metabolism), Humans, Models, Molecular, Protein Biosynthesis, RNA, Ribosomal (ultrastructure), Ribosomes (chemistry), Saccharomyces cerevisiae (metabolism), Triticum (metabolism)
リンクDOI: 10.1073/pnas.1009999107, PubMed: 20980660, PMC: PMC2993355
引用 - 1
文献Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., Vol. 107, Issue 46, Page 19754-9, Year 2010
タイトルLocalization of eukaryote-specific ribosomal proteins in a 5.5-Å cryo-EM map of the 80S eukaryotic ribosome.
著者Jean-Paul Armache, Alexander Jarasch, Andreas M Anger, Elizabeth Villa, Thomas Becker, Shashi Bhushan, Fabrice Jossinet, Michael Habeck, Gülcin Dindar, Sibylle Franckenberg, Viter Marquez, Thorsten Mielke, Michael Thomm, Otto Berninghausen, Birgitta Beatrix, Johannes Söding, Eric Westhof, Daniel N Wilson, Roland Beckmann
キーワードCryoelectron Microscopy, Eukaryotic Cells (metabolism), Evolution, Molecular, Models, Molecular, Protein Transport, RNA, Ribosomal (chemistry), Ribosomal Proteins (metabolism), Ribosomes (metabolism), Saccharomyces cerevisiae (metabolism), Species Specificity, Triticum (metabolism)
リンクDOI: 10.1073/pnas.1010005107, PubMed: 20974910, PMC: PMC2993421
構成要素
ID 1 : rRNA expansion segment ES27L in an "out" conformation
画像
ID1
分子量48721.895 Da
説明rRNA expansion segment ES27L in an "out" conformation
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
通称: yeast
NCBI taxonomy: ID:4932
名称: Saccharomyces cerevisiae

リンクGenBank: U53879.1, Sequence view
試料
試料調製
pH7.5
実験
手法ELECTRON MICROSCOPY
電子顕微鏡
解析
3次元再構成
分解能8.6 A
精密化
Cycle idLAST
Refine idELECTRON MICROSCOPY
合計3044
核酸原子3044
ダウンロード
PDB形式
すべてpdb3izd.ent.gz
pdb3izd.ent (非圧縮ファイル)
ヘッダのみpdb3izd.ent.gz
mmcif形式
mmCIF3izd.cif.gz
XML形式
すべて3izd.xml.gz
No-atom3izd-noatom.xml.gz
Ext-atom3izd-extatom.xml.gz
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