PDB-3izd: リボソーム大サブユニットRNA（拡張部位E27L-out状態）のモデル - Saccharomyces cer... - EM Navigator

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Model of the large subunit RNA expansion segment ES27L-out based on a 6.1 A cryo-EM map of Saccharomyces cerevisiae translating 80S ribosome. 3IZD is a small part (an expansion segment) which is in an alternative conformation to what is in already 3IZF.

電子顕微鏡法による, 8.6Å分解能

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#1: 登録構造単位, Jmolにより作成

#2: EMマップデータ( EMDB-1669 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolにより作成

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#4: PDB- との合成表示, Jmolにより作成

#5: PDB-3izb, PDB-3ize, PDB-3izf, PDB-3izs との合成表示, Jmolにより作成

#6: EMマップデータ( EMDB-1811 )との重ね合わせ (+ PDB-3izb, PDB-3ize, PDB-3izf, PDB-3izs), UCSF CHIMERAにより作成

エントリ情報
概要
データベース名・ID	PORTEIN DATA BANK (PDB) / 3izd
タイトル	Model of the large subunit RNA expansion segment ES27L-out based on a 6.1 A cryo-EM map of Saccharomyces cerevisiae translating 80S ribosome. 3IZD is a small part (an expansion segment) which is in an alternative conformation to what is in already 3IZF. リボソーム大サブユニットRNA（拡張部位E27L-out状態）のモデル - Saccharomyces cerevisiae（パン酵母）由来翻訳中の80Sリボソーム - 6.1Å分解能の低温電子顕微鏡マップに基づく
記述子	151-MER
キーワード	RIBOSOME, eukaryotic ribosome, homology modelling, de novo modeling, ribosomal RNA, rRNA, RNA expansion segments
PDBj Mine pages	Summary, Structural Details, Experimental Details, Functional Details
その他のデータベース	RCSB-PDB, PDBe, CATH, CE, FSSP, SCOP, VAST
構造の表現
ムービー	ムービーページ #1: 登録構造単位, Jmolにより作成 #2: EMマップデータ( EMDB-1669 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolにより作成 #3: EMマップデータ( EMDB-1811 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolにより作成 #4: PDB- との合成表示, Jmolにより作成 #5: PDB-3izb, PDB-3ize, PDB-3izf, PDB-3izs との合成表示, Jmolにより作成 #6: EMマップデータ( EMDB-1811 )との重ね合わせ (+ PDB-3izb, PDB-3ize, PDB-3izf, PDB-3izs), UCSF CHIMERAにより作成
構造ビューア	万見, jV4, Jmol, 生物学的単位 (画像, jV)
関連構造データ
関連するエントリ	EMDB-1669 Fit EMDB-1811 Fit EMDB-1667 PDB-3iz6 PDB-3iz7 PDB-3iz9 PDB-3izb PDB-3ize PDB-3izf PDB-3izr PDB-3izs Fit: あてはめのターゲットとして利用したマップ
類似構造 (beta)	分布図 EMDB-1105 PDB-1x1l PDB-3a5x PDB-1ucu 類似構造データの一覧 Omokageシステムについて

文献
引用 - primary
文献	Proc.Natl.Acad.Sci.USA, Vol. 107, Page: 19748 - 19753, Year: 2010,
タイトル	Cryo-EM structure and rRNA model of a translating eukaryotic 80S ribosome at 5.5-A resolution.
著者・データ登録者	Armache, J.P., Jarasch, A., Anger, A.M., Villa, E., Becker, T., Bhushan, S., Jossinet, F., Habeck, M., Dindar, G., Franckenberg, S., Marquez, V., Mielke, T., Thomm, M., Berninghausen, O., Beatrix, B., Soding, J., Westhof, E., Wilson, D.N., Beckmann, R.
リンク	DOI: 10.1073/pnas.1009999107
引用 - 1
文献	Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., Vol. 107, Issue 46, Page 19754-9, Year 2010
タイトル	Localization of eukaryote-specific ribosomal proteins in a 5.5-Å cryo-EM map of the 80S eukaryotic ribosome.
著者	Jean-Paul Armache, Alexander Jarasch, Andreas M Anger, Elizabeth Villa, Thomas Becker, Shashi Bhushan, Fabrice Jossinet, Michael Habeck, Gülcin Dindar, Sibylle Franckenberg, Viter Marquez, Thorsten Mielke, Michael Thomm, Otto Berninghausen, Birgitta Beatrix, Johannes Söding, Eric Westhof, Daniel N Wilson, Roland Beckmann Gene Center, Department of Biochemistry, Ludwig-Maximilians-Universität München, Feodor-Lynen-Strasse 25, 81377 Munich, Germany.
キーワード	Cryoelectron Microscopy, Eukaryotic Cells (metabolism), Evolution, Molecular, Models, Molecular, Protein Transport, RNA, Ribosomal (chemistry), Ribosomal Proteins (metabolism), Ribosomes (metabolism), Saccharomyces cerevisiae (metabolism), Species Specificity, Triticum (metabolism)
リンク	DOI: 10.1073/pnas.1010005107, PubMed: 20974910, PMC: PMC2993421

構成要素
ID 1 : rRNA expansion segment ES27L in an "out" conformation
画像
説明	rRNA expansion segment ES27L in an "out" conformation
タイプ	polyribonucleotide
分子量	48721.895 Da
分子の数	1
ID	1
由来	手法: Isolated from a natural source Common name: yeast NCBI taxonomy: ID:4932 Organism scientific: Saccharomyces cerevisiae
リンク	GenBank: U53879.1, Sequence view

試料
試料調製
pH	7.5
実験
手法	ELECTRON MICROSCOPY

電子顕微鏡

解析
3次元再構成
分解能	8.6 A
精密化
Cycle id	LAST
Refine id	ELECTRON MICROSCOPY
合計	3044
核酸原子	3044

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