Matras:Protein 3D Structure Comparison (japanese)


タンパク質の立体構造比較サーバ「マトラス」

MATRAS : MArkovian TRAnsition of Structure evolution

[English Page]

Pairwise 3D Alignment

2つのタンパク質のペアワイズの構造アライメントを計算します。

Self 3D Alignment

同じタンパク質の中で構造が似ている部分をアライメントします。 自分自身の中にある繰り返し構造を認識できます。

Multiple 3D Alignment

いくつかの立体構造(3〜10個)のマルチプル構造アライメントを行います。

3D Library Search

クエリとなる構造を与え、それと似ている構造を ライブラリ構造の中から探し出します。 この計算は時間がかかるため、メールで結果が返信されます。 ライブラリは毎週更新されます。

PDB information

PDBの各エントリの様々な情報を提供します。

Sequence Search

クエリとなるアミノ酸配列を与え、それをライブラリ構造の配列と比較します。 簡易な立体構造予測サービスです。

ヘルプページ


参考文献
Kawabata T. "MATRAS: a program for protein 3D structure comparison" (2003). Nucleic Acids Res. Vol 31, 3367-9. [MEDLINE]

Kawabata T., Nishikawa.K. "Protein tertiary structure comparison using the Markov transition model of evolution" (2000). Proteins, vol 41, 108-122 [MEDLINE]

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タンパク質3次構造関連のリンク

阪大 蛋白研 蛋白質情報科学系

LastModified:May 10, 2011