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Yorodumi- PDB-6xoa: The crystal structure of 3CL MainPro of SARS-CoV-2 with C145S mutation -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xoa | ||||||
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Title | The crystal structure of 3CL MainPro of SARS-CoV-2 with C145S mutation | ||||||
Components | 3C-like proteinase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / 3CL / main protease / SARS-CoV-2 / mutant / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / Lyases; Phosphorus-oxygen lyases / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / Lyases; Phosphorus-oxygen lyases / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / 5'-3' DNA helicase activity / SARS coronavirus main proteinase / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / DNA helicase / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Maltseva, N.I. / Welk, L.F. / Jedrzejczak, R.P. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: The crystal structure of 3CL MainPro of SARS-CoV-2 with C145S mutation Authors: Tan, K. / Maltseva, N.I. / Welk, L.F. / Jedrzejczak, R.P. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6xoa.cif.gz | 481.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6xoa.ent.gz | 400.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6xoa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6xoa_validation.pdf.gz | 461.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6xoa_full_validation.pdf.gz | 467.5 KB | Display | |
Data in XML | 6xoa_validation.xml.gz | 41 KB | Display | |
Data in CIF | 6xoa_validation.cif.gz | 55.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/6xoa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/6xoa | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6yb7S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 33809.480 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C145S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: rep, 1a-1b / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P0DTD1, SARS coronavirus main proteinase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.29 Å3/Da / Density % sol: 46.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.02 M sodium/potassium phosphate, 20% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 19, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→45.8 Å / Num. obs: 62329 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.1 % / CC1/2: 0.981 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 2.407 / Net I/σ(I): 17.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / Redundancy: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.565 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2830 / CC1/2: 0.609 / CC star: 0.87 / Rpim(I) all: 0.511 / Rrim(I) all: 0.764 / Χ2: 0.676 / % possible all: 81.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6YB7 Resolution: 2.1→45.75 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 33.51 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→45.75 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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