+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6bui | ||||||
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Title | Crystal structure of a membrane protein, crystal form III | ||||||
Components | Integral membrane protein | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information lipoteichoic acid biosynthetic process / acyltransferase activity / Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus thermophilus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.27 Å | ||||||
Authors | Ma, D. / Wang, Z. / Xu, W. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2018 Title: Crystal structure of a membrane-bound O-acyltransferase. Authors: Ma, D. / Wang, Z. / Merrikh, C.N. / Lang, K.S. / Lu, P. / Li, X. / Merrikh, H. / Rao, Z. / Xu, W. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6bui.cif.gz | 683.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6bui.ent.gz | 582.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6bui.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6bui_validation.pdf.gz | 461.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6bui_full_validation.pdf.gz | 489.7 KB | Display | |
Data in XML | 6bui_validation.xml.gz | 54.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6bui_validation.cif.gz | 74.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6bui ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/6bui | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6bugSC 6buhC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 414 / Label seq-ID: 1 - 414
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 50192.363 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus thermophilus (bacteria) / Gene: dltB, stu0762 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q5M4V4 |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.19 Å3/Da / Density % sol: 70.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 100mM HEPES pH7.5, 200mM sodium citrate tribasic dihydrate, 3% (w/v) 1,5-diaminopentane dihydrochloride, 27% (w/v) PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 13, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.27→121.31 Å / Num. obs: 47040 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 3.8 % / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 11.5 |
Reflection shell | Resolution: 3.3→3.4 Å / Redundancy: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4083 / CC1/2: 0.563 / Rsym value: 1.203 / % possible all: 98.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6BUG Resolution: 3.27→121.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 81.579 / SU ML: 0.561 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.548 Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 327.69 Å2 / Biso mean: 151.657 Å2 / Biso min: 79.77 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.27→121.31 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 3.275→3.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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