[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5xey: Discovery and structural analysis of a phloretin hydrolase from t... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5xey | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Discovery and structural analysis of a phloretin hydrolase from the opportunistic pathogen Mycobacterium abscessus | ||||||
Components | phloretin hydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / phloretin hydrolase / Bet v1 fold / C-C bond / flavonoid | ||||||
Function / homology | phloretin hydrolase / phloretin hydrolase activity / DAPG hydrolase, PhiG domain / DAPG hydrolase PhiG domain / metal ion binding / 1-[2,4,6-tris(oxidanyl)phenyl]ethanone / Phloretin hydrolase Function and homology information | ||||||
Biological species | Mycobacterium abscessus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.82 Å | ||||||
Authors | He, Y.X. / Han, J.T. / Jia, W.J. / Zhang, Z. | ||||||
Citation | Journal: FEBS J. / Year: 2019 Title: Discovery and structural analysis of a phloretin hydrolase from the opportunistic human pathogen Mycobacterium abscessus. Authors: Han, J.T. / Zhang, S.P. / Jia, W.J. / Zhang, Z. / Wang, Y. / He, Y.X. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5xey.cif.gz | 237.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5xey.ent.gz | 190.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5xey.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5xey_validation.pdf.gz | 468.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5xey_full_validation.pdf.gz | 476.8 KB | Display | |
Data in XML | 5xey_validation.xml.gz | 45.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5xey_validation.cif.gz | 66.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/5xey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/5xey | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 31840.342 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium abscessus (strain ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543) (bacteria) Strain: ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543 Gene: MAB_4487c / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: B1MK49 #2: Chemical | ChemComp-83X / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.53 Å3/Da / Density % sol: 51.41 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 / Details: 0.1M Sodim Citrate pH5.5, 1M LiCl, 6% PEG6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.97915 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 130 mm / Detector: CCD / Date: Dec 24, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.82→50 Å / Num. obs: 112355 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 19.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.994 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 350376 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Resolution: 1.82→36.402 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 24.73
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 62.17 Å2 / Biso mean: 22.1255 Å2 / Biso min: 7.18 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.82→36.402 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
|