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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3r1y | ||||||
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タイトル | CDK2 in complex with inhibitor KVR-1-134 | ||||||
要素 | Cyclin-dependent kinase 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Replication initiator protein RctB, central region / RctB, helix turn helix domain / Vibrionales, replication initiator protein RctB, central region / RctB helix turn helix domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / 2-Layer Sandwich ...Replication initiator protein RctB, central region / RctB, helix turn helix domain / Vibrionales, replication initiator protein RctB, central region / RctB helix turn helix domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Betzi, S. / Alam, R. / Han, H. / Becker, A. / Schonbrunn, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure-guided optimization of novel CDK2 inhibitors discovered by high-throughput screening 著者: Schonbrunn, E. / Becker, A. / Betzi, S. / Alam, R. / Han, H. / Rawle, F. / Katta, V. / Jakkaraj, J. / Chakrasali, R. / Neelam, S. / Hook, D. / Tash, J. / Georg, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3r1y.cif.gz | 77.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3r1y.ent.gz | 56.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3r1y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3r1y_validation.pdf.gz | 455.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3r1y_full_validation.pdf.gz | 464.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3r1y_validation.xml.gz | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3r1y_validation.cif.gz | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/3r1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r1/3r1y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3ql8C 3qqfC 3qqgC 3qqhC 3qqjC 3qqlC 3qrtC 3qruC 3qwjC 3qwkC 3qx2C 3qx4C 3qxoC 3qzfC 3qzgC 3qzhC 3qziC 3r1qC 3r1sC 3r28C 3r6xC 3r71C 3r73C 3r7eC 3r7iC 3r7uC 3r7vC 3r7yC 3r83C 3r8lC 3r8mC 3r8pC 3raiC 3rm6C 3rm7C 3royC 3rpoC 1pw2S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34761.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2 / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER(DE3) / 参照: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#3: 化合物 | ChemComp-X76 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.64 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5 mg/mL CDK2 protein, 3 mM inhibitor, 15% v/v PEG3350, 50 mM HEPES/NaOH, 50 mM Na/K phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月28日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 27273 / Num. obs: 27273 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.05 % / Biso Wilson estimate: 17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 21.86 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3.19 % / Rmerge(I) obs: 0.226 / Mean I/σ(I) obs: 4.61 / Num. unique all: 2131 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PW2 解像度: 1.8→18.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1472741.49 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.7602 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→18.96 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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