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Yorodumi- PDB-3ppp: Structures of the substrate-binding protein provide insights into... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ppp | |||||||||
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Title | Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solutes binding specificities of Bacillus subtilis ABC transporter OpuC | |||||||||
Components | Glycine betaine/carnitine/choline-binding protein | |||||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / alpha-beta-alpha sandwich / osmoprotectant | |||||||||
Function / homology | Function and homology information amino acid transport / response to stimulus / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | |||||||||
Authors | Du, Y. / Shi, W.W. / He, Y.X. / Yang, Y.H. / Zhou, C.Z. / Chen, Y. | |||||||||
Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2011 Title: Structures of the substrate-binding protein provide insights into the multiple compatible solute binding specificities of the Bacillus subtilis ABC transporter OpuC Authors: Du, Y. / Shi, W.W. / He, Y.X. / Yang, Y.H. / Zhou, C.Z. / Chen, Y. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ppp.cif.gz | 226.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ppp.ent.gz | 183 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ppp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3ppp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/3ppp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3ppnC 3ppoC 3ppqC 3pprC 1sw2S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35016.773 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Gene: opuCC / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: O32243 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.24 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 28%(v/v) Polyethylene Glycol 400, 0.2M Calcium Chloride dihydrate, 0.1M HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Nov 2, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. all: 28208 / Num. obs: 28208 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.38 Å / % possible all: 92 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1SW2 Resolution: 2.4→48.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 16.804 / SU ML: 0.178 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.541 / ESU R Free: 0.286 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 49.5 Å2 / Biso mean: 33.647 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→48.8 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.463 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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