+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1nx4 | ||||||
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Title | The crystal structure of carbapenem synthase (CarC) | ||||||
Components | Carbapenem synthase | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / jelly roll | ||||||
Function / homology | Function and homology information (5R)-carbapenem-3-carboxylate synthase / dioxygenase activity / antibiotic biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pectobacterium carotovorum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Clifton, I.J. / Doan, L.X. / Sleeman, M.C. / Topf, M. / Suzuki, H. / Wilmouth, R.C. / Schofield, C.J. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2003 Title: Crystal structure of carbapenem synthase (CarC). Authors: Clifton, I.J. / Doan, L.X. / Sleeman, M.C. / Topf, M. / Suzuki, H. / Wilmouth, R.C. / Schofield, C.J. #1: Journal: J.CHEM.SOC.,CHEM.COMMUN. / Year: 1989 Title: A Chiral Synthesis of trans-Carbapenam-3-carboxylic Acid and the Assignment of (3S, 5S) Configuration to the Corresponding Product from Serratia and Erwinia Species. Authors: Bycroft, B.W. / Chhabra, S.R. #2: Journal: J.AM.CHEM.SOC. / Year: 2000 Title: Three Unusual Reactions Mediate Carbapenem and Carbapenam Biosynthesis Authors: Li, R. / Stapon, A. / Blanchfield, J.T. / Townsend, C.A. #3: Journal: MOL.MICROBIOL. / Year: 1997 Title: Analysis of the carbapenem gene cluster of Erwinia carotovora: definition of the antibiotic biosynthetic genes and evidence for a novel beta-lactam resistance mechanism Authors: McGowan, S.J. / Sebaihia, M. / O'Leary, S. / Hardie, K.R. / Williams, P. / Stewart, G.S.A.B. / Bycroft, B.W. / Salmond, G.P.C. #4: Journal: Trends Microbiol. / Year: 1998 Title: Bacterial production of carbapenems and clavams: evolution of beta-lactam antibiotic pathways Authors: McGowan, S.J. / Bycroft, B.W. / Salmond, G.P.C. #5: Journal: TETRAHEDRON LETT. / Year: 2002 Title: Diastereoselective synthesis of 3,5-trans-(+)-(3R,5R)-3- carbomethoxycarbapenam from 3-hydroxypyridine: questioning the stereochemical assignment of the natural product Authors: Tanaka, H. / Sakagami, H. / Ogasawara, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1nx4.cif.gz | 164.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1nx4.ent.gz | 137.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1nx4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1nx4_validation.pdf.gz | 470.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 1nx4_full_validation.pdf.gz | 478.6 KB | Display | |
Data in XML | 1nx4_validation.xml.gz | 30.2 KB | Display | |
Data in CIF | 1nx4_validation.cif.gz | 42.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/1nx4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/1nx4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Ens-ID: 1 / Refine code: 6
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Details | The biological assembly is a hexamer generated from the trimer in the asymmetric unit by the operation: -x, y, 1/2-z |
-Components
#1: Protein | Mass: 31931.229 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pectobacterium carotovorum (bacteria) / Gene: CarC / Plasmid: pET24a / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: Q9XB59 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54.08 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: PEG 8000, ammonium acetate, isopropanol, Tris, iron sulphate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SRS / Beamline: PX14.2 / Wavelength: 0.9785, 0.9790, 1.0000 | ||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Jan 29, 2002 / Details: mirrors | ||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.4→81.65 Å / Num. all: 173615 / Num. obs: 37852 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 9.9 | ||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.46 Å / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.4 | ||||||||||||
Reflection | *PLUS Highest resolution: 2.4 Å / Lowest resolution: 30 Å / Num. measured all: 173615 | ||||||||||||
Reflection shell | *PLUS Highest resolution: 2.4 Å / % possible obs: 99.4 % |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.4→81.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 7.596 / SU ML: 0.18 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.418 / ESU R Free: 0.275 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.398 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→81.65 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Rfactor Rfree: 0.268 / Rfactor Rwork: 0.223 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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