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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5h30 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 6.5 | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS/IMMUNE SYSTEM / Antibody (抗体) / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / molecular adaptor activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / 中心体 / エンベロープ (ウイルス) / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Zika virus (ジカ熱ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Zhang, S. / Kostyuchenko, V. / Ng, T.-S. / Lok, S.-M. | ||||||||||||
資金援助 | シンガポール, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Neutralization mechanism of a highly potent antibody against Zika virus. 著者: Shuijun Zhang / Victor A Kostyuchenko / Thiam-Seng Ng / Xin-Ni Lim / Justin S G Ooi / Sebastian Lambert / Ter Yong Tan / Douglas G Widman / Jian Shi / Ralph S Baric / Shee-Mei Lok / 要旨: The rapid spread of Zika virus (ZIKV), which causes microcephaly and Guillain-Barré syndrome, signals an urgency to identify therapeutics. Recent efforts to rescreen dengue virus human antibodies ...The rapid spread of Zika virus (ZIKV), which causes microcephaly and Guillain-Barré syndrome, signals an urgency to identify therapeutics. Recent efforts to rescreen dengue virus human antibodies for ZIKV cross-neutralization activity showed antibody C10 as one of the most potent. To investigate the ability of the antibody to block fusion, we determined the cryoEM structures of the C10-ZIKV complex at pH levels mimicking the extracellular (pH8.0), early (pH6.5) and late endosomal (pH5.0) environments. The 4.0 Å resolution pH8.0 complex structure shows that the antibody binds to E proteins residues at the intra-dimer interface, and the virus quaternary structure-dependent inter-dimer and inter-raft interfaces. At pH6.5, antibody C10 locks all virus surface E proteins, and at pH5.0, it locks the E protein raft structure, suggesting that it prevents the structural rearrangement of the E proteins during the fusion event-a vital step for infection. This suggests antibody C10 could be a good therapeutic candidate. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5h30.cif.gz | 85.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5h30.ent.gz | 58.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5h30.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/5h30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h3/5h30 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54444.051 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: Mr 766 / 参照: UniProt: A0A024B7W1 #2: タンパク質 | 分子量: 8496.883 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: Mr 766 / 参照: UniProt: A0A024B7W1 #3: 抗体 | 分子量: 14487.058 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 抗体 | 分子量: 11298.362 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) | 生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293T / プラスミド: unknown | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 43 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45867 / 対称性のタイプ: POINT |