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万見
- EMDB-1956: Cryo Electron Tomography of Herpes Simplex Virus during Axonal Tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1956
タイトルCryo Electron Tomography of Herpes Simplex Virus during Axonal Transport and Secondary Envelopment in Primary Neurons
マップデータHerpes simplex virus 1 cytosolic C-capsid
試料
  • 試料: Herpes simplex virus 1 cytosolic C-capsid
  • ウイルス: Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
キーワードHSV-1 (単純ヘルペスウイルス) / HSV1 (単純ヘルペスウイルス) / herpesvirus (ヘルペスウイルス科) / herpes simplex virus 1 (単純ヘルペスウイルス) / capsid (カプシド) / cytosolic C-capsid / tegument
生物種Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 69.0 Å
データ登録者Ibiricu I / Huiskonen JT / Doehner K / Bradke F / Sodeik B / Gruenewald K
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2011
タイトル: Cryo electron tomography of herpes simplex virus during axonal transport and secondary envelopment in primary neurons.
著者: Iosune Ibiricu / Juha T Huiskonen / Katinka Döhner / Frank Bradke / Beate Sodeik / Kay Grünewald /
要旨: During herpes simplex virus 1 (HSV1) egress in neurons, viral particles travel from the neuronal cell body along the axon towards the synapse. Whether HSV1 particles are transported as enveloped ...During herpes simplex virus 1 (HSV1) egress in neurons, viral particles travel from the neuronal cell body along the axon towards the synapse. Whether HSV1 particles are transported as enveloped virions as proposed by the 'married' model or as non-enveloped capsids suggested by the 'separate' model is controversial. Specific viral proteins may form a recruitment platform for microtubule motors that catalyze such transport. However, their subviral location has remained elusive. Here we established a system to analyze herpesvirus egress by cryo electron tomography. At 16 h post infection, we observed intra-axonal transport of progeny HSV1 viral particles in dissociated hippocampal neurons by live-cell fluorescence microscopy. Cryo electron tomography of frozen-hydrated neurons revealed that most egressing capsids were transported independently of the viral envelope. Unexpectedly, we found not only DNA-containing capsids (cytosolic C-capsids), but also capsids lacking DNA (cytosolic A-/B-capsids) in mid-axon regions. Subvolume averaging revealed lower amounts of tegument on cytosolic A-/B-capsids than on C-capsids. Nevertheless, all capsid types underwent active axonal transport. Therefore, even few tegument proteins on the capsid vertices seemed to suffice for transport. Secondary envelopment of capsids was observed at axon terminals. On their luminal face, the enveloping vesicles were studded with typical glycoprotein-like spikes. Furthermore, we noted an accretion of tegument density at the concave cytosolic face of the vesicle membrane in close proximity to the capsids. Three-dimensional analysis revealed that these assembly sites lacked cytoskeletal elements, but that filamentous actin surrounded them and formed an assembly compartment. Our data support the 'separate model' for HSV1 egress, i.e. progeny herpes viruses being transported along axons as subassemblies and not as complete virions within transport vesicles.
履歴
登録2011年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年9月30日-
マップ公開2012年8月29日-
更新2012年9月5日-
現状2012年9月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD_1956_cyt...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1956.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Herpes simplex virus 1 cytosolic C-capsid
ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.2 / ムービー #1: 1.2
最小 - 最大-4.5026927 - 4.92666101
平均 (標準偏差)-0.1740697 (±1.00548768)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-101-101-101
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 1610.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z8.058.058.05
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1610.0001610.0001610.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-101-101-101
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-4.5034.927-0.174

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Herpes simplex virus 1 cytosolic C-capsid

全体名称: Herpes simplex virus 1 cytosolic C-capsid
要素
  • 試料: Herpes simplex virus 1 cytosolic C-capsid
  • ウイルス: Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)

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超分子 #1000: Herpes simplex virus 1 cytosolic C-capsid

超分子名称: Herpes simplex virus 1 cytosolic C-capsid / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Icosahedral Capsid / Number unique components: 1

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超分子 #1: Human herpesvirus 1

超分子名称: Human herpesvirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Herpes simplex virus 1 / NCBI-ID: 10298 / 生物種: Human herpesvirus 1 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Herpes simplex virus 1
宿主生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 1250 Å / T番号(三角分割数): 16

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: unstained
グリッド詳細: 200 mesh Au grids with holey carbon support film (Au R2/1 200 mesh, Quantifoil
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER / 手法: Manual blotting

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 37267 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 12.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm / 倍率（公称値）: 27500
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF2002
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10.0 eV
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
詳細Tilt series
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD / 平均電子線量: 80 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Low pass filter
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 69.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD and Bsoft / 詳細: Map was calculated from tomographic sub-volumes
詳細Sub-volumes of icosahedral particles where manually picked in tomographic reconstructions, aligned and averaged. Average number of projections used in the 3D reconstructions: 41.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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