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- SASDBW9: Immunoglobulin domains 4,5 of Nucleoporin Pom152 (Pom152 Ig-4,5: ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBW9
試料Immunoglobulin domains 4,5 of Nucleoporin Pom152 (Pom152 Ig-4,5: amino acids 718-920)
  • Nucleoporin POM152 (protein), Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore transmembrane ring / spindle pole body duplication / nuclear pore organization / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / nuclear envelope lumen / mRNA transport / 核膜孔 / protein-membrane adaptor activity / nuclear periphery ...nuclear pore transmembrane ring / spindle pole body duplication / nuclear pore organization / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / nuclear envelope lumen / mRNA transport / 核膜孔 / protein-membrane adaptor activity / nuclear periphery / cell periphery / protein import into nucleus / 核膜 / 核膜 / ミトコンドリア
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin POM152
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
引用日付: 2017 Feb
タイトル: Molecular Architecture of the Major Membrane Ring Component of the Nuclear Pore Complex
著者: Upla P / Kim S / Sampathkumar P / Dutta K / Cahill S / Chemmama I / Williams R / Bonanno J / Rice W / Stokes D / Cowburn D / Almo S / Sali A / Rout M
登録者
  • Seung Joong Kim (University of California, San Francisco (UCSF))

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1109
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIN / ダミー原子の半径: 2.00 A / カイ2乗値: 1.966
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Immunoglobulin domains 4,5 of Nucleoporin Pom152 (Pom152 Ig-4,5: amino acids 718-920)
試料濃度: 0.50-10.10
バッファ名称: 10mM HEPES, 150mM NaCl, 10%(v/v) glycerol, 5mM DTT / pH: 7.5
要素 #576タイプ: protein / 記述: Nucleoporin POM152 / 分子量: 23.805 / 分子数: 1
由来: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
参照: UniProt: P39685
配列: RVKPSASLKL HHDLKLCLGD HSSVPVALKG QGPFTLTYDI IETFSSKRKT FEIKEIKTNE YVIKTPVFTT GGDYILSLVS IKDSTGCVVG LSQPDAKIQV RRDIPSAAFN FFEPIKEAKI KHGSVTEIPL KLSGEGPFTV KFKHMDYDGN IVKEFENKFQ NSYKPALKVS ...配列:
RVKPSASLKL HHDLKLCLGD HSSVPVALKG QGPFTLTYDI IETFSSKRKT FEIKEIKTNE YVIKTPVFTT GGDYILSLVS IKDSTGCVVG LSQPDAKIQV RRDIPSAAFN FFEPIKEAKI KHGSVTEIPL KLSGEGPFTV KFKHMDYDGN IVKEFENKFQ NSYKPALKVS KEGLYQLVDI RDSSCQGNVI YRNSLYKVSF LEKEGHHHHH H

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実験情報

ビーム設備名称: Stanford Synchrotron Radiation Lightsource (SSRL) BL4-2
地域: Stanford, CA / 国: USA / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.098 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.7 mm
検出器名称: Rayonix MX225-HE
スキャン
タイトル: Immunoglobulin domains 4,5 of Nucleoporin Pom152 (Pom152 Ig-4,5: amino acids 718-920)
測定日: 2015年4月12日 / 保管温度: 15 °C / セル温度: 15 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0169 0.2994
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 377 /
MinMax
Q0.01785 0.3616
P(R) point1 377
R0 93.68
結果
カーブのタイプ: merged
コメント: Guinier Rg and I(0) were calculated using AutoRg. The experimental MW was estimated using SAXSMOW.
実験値StandardPorod
分子量24.1 kDa25.2 kDa-
体積--22.5 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I0385 0.9681 384.29 1.1
慣性半径, Rg 2.787 nm0.007 2.71 nm0.063

MinMax
D-9.37
Guinier point5 31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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