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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xrx | ||||||
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タイトル | The crystal structure of a GH3 enzyme CcBgl3B with glucose and gentiobiose | ||||||
要素 | GH3 enzyme CcBgl3B | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GH3 enzyme CcBgl3B / glucose (グルコース) / gentiobiose | ||||||
機能・相同性 | グルコース / alpha-D-glucopyranose 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Cellulosimicrobium cellulans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Su, J.Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024 タイトル: A trapped covalent intermediate as a key catalytic element in the hydrolysis of a GH3 beta-glucosidase: An X-ray crystallographic and biochemical study. 著者: Hu, C. / Wang, Y. / Wang, W. / Cui, W. / Jia, X. / Mayo, K.H. / Zhou, Y. / Su, J. / Yuan, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8xrx.cif.gz | 795.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8xrx.ent.gz | 655.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8xrx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/8xrx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xr/8xrx | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8xrtC 8xruC 8xrvC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 81757.086 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cellulosimicrobium cellulans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-糖 , 3種, 6分子
#2: 多糖 | #4: 糖 | #5: 糖 | ChemComp-GLC / | |
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-非ポリマー , 2種, 409分子
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.44 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.97538 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97538 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→19.95 Å / Num. obs: 264973 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 8.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.538 / Num. unique obs: 11550 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: (1.10.1_2155: ???) / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→19.948 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.53 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.948 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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