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- PDB-8xrv: The crystal structure of a GH3 enzyme CcBgl3B with glucose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xrv
タイトルThe crystal structure of a GH3 enzyme CcBgl3B with glucose
要素GH3 enzyme CcBgl3B
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / GH3 enzyme CcBgl3B / glucose (グルコース)
機能・相同性グルコース
機能・相同性情報
生物種Cellulosimicrobium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Su, J.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171255 中国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: A trapped covalent intermediate as a key catalytic element in the hydrolysis of a GH3 beta-glucosidase: An X-ray crystallographic and biochemical study.
著者: Hu, C. / Wang, Y. / Wang, W. / Cui, W. / Jia, X. / Mayo, K.H. / Zhou, Y. / Su, J. / Yuan, Y.
履歴
登録2024年1月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GH3 enzyme CcBgl3B
B: GH3 enzyme CcBgl3B
C: GH3 enzyme CcBgl3B
F: GH3 enzyme CcBgl3B
D: GH3 enzyme CcBgl3B
E: GH3 enzyme CcBgl3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)491,86418
ポリマ－490,5436
非ポリマー1,32112
水39,9392217
1
A: GH3 enzyme CcBgl3B
B: GH3 enzyme CcBgl3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,9556
ポリマ－163,5142
非ポリマー4404
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area47600 Å2
手法PISA
2
C: GH3 enzyme CcBgl3B
F: GH3 enzyme CcBgl3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,9556
ポリマ－163,5142
非ポリマー4404
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6190 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area47950 Å2
手法PISA
3
D: GH3 enzyme CcBgl3B
ヘテロ分子

E: GH3 enzyme CcBgl3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,9556
ポリマ－163,5142
非ポリマー4404
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area6080 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area48090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.330, 177.574, 265.787
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
GH3 enzyme CcBgl3B


分子量: 81757.086 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cellulosimicrobium (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 糖
ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス / グルコース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97775 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→19.97 Å / Num. obs: 288030 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.684 / Num. unique obs: 14283

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.18.2_3874: ???) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→19.97 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2153 1999 0.69 %
Rwork0.1761 --
obs0.1763 287964 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33578 0 78 2217 35873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00834622
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1147356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.6554926
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076258
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.30641440.257220452X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.530.33031410.252620299X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.60.28461430.234620377X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.680.30211430.22220438X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.780.27771420.207420296X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.890.23011420.198920436X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.020.24831440.194620524X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.180.24591430.192320398X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.380.23151420.189920385X-RAY DIFFRACTION100
3.38-3.640.21841430.169620444X-RAY DIFFRACTION99
3.64-40.19351430.156920413X-RAY DIFFRACTION100
4-4.580.16021410.142420447X-RAY DIFFRACTION99
4.58-5.740.19181430.151720407X-RAY DIFFRACTION99
5.74-19.970.17131450.152920649X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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