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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8x6m | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Glycerol Dehydrogenase in the Presence of NAD+ and Glycerol | ||||||
要素 | Glycerol dehydrogenaseグリセロールデヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Glycerol Dehydrogenase (グリセロールデヒドロゲナーゼ) / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (R)-アミノプロパノールデヒドロゲナーゼ / (R)-aminopropanol dehydrogenase activity / anaerobic glycerol catabolic process / methylglyoxal catabolic process / グリセロールデヒドロゲナーゼ / glycerol dehydrogenase (NAD+) activity / protein homotetramerization / protein-containing complex / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Park, T. / Kang, J.Y. / Jin, M. / Yang, J. / Kim, H. / Noh, C. / Eom, S.H. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2024 タイトル: Structural insights into the octamerization of glycerol dehydrogenase. 著者: Park, T. / Kang, J.Y. / Jin, M. / Yang, J. / Kim, H. / Noh, C. / Jung, C.H. / Eom, S.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8x6m.cif.gz | 158.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8x6m.ent.gz | 123.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8x6m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/8x6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/8x6m | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8gobS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39817.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: gldA, b3945, JW5556 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0A9S5, グリセロールデヒドロゲナーゼ, (R)-アミノプロパノールデヒドロゲナーゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.04 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM Na2HPO4-citrate (pH 4.2), 200 mM NaCl, and 10% (w/v) PEG 3000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97942 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97942 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→118.1 Å / Num. obs: 78784 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.1 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19 |
反射 シェル | 解像度: 2→2 Å / Num. unique obs: 3865 / CC1/2: 0.94 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 8GOB 解像度: 2→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 3.869 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.575 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2→50.01 Å
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拘束条件 |
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