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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8x34 | ||||||
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タイトル | ProteinMY | ||||||
要素 | Kelch-like ECH-associated protein 1 | ||||||
キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / Kelch / KEAP1 / NRF2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / disordered domain specific binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cellular response to oxidative stress / Neddylation / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / protein ubiquitination / Ub-specific processing proteases / 小胞体 / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Yilmaz, M. / Gul, M. / Tavli, S. / Okuducu, C. / Gul, B. / DeMirci, H. | ||||||
資金援助 | トルコ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Human KEAP1 Kelch domain at ambient temperature 著者: Yilmaz, M. / Gul, M. / Tavli, S. / Okuducu, C. / Gul, B. / DeMirci, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8x34.cif.gz | 236.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8x34.ent.gz | 189.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8x34.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/8x34 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/8x34 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31357.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.4 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 4.0 M Ammonium acetate, 0.1 M Tris pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU PhotonJet-R / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU HyPix-3000 / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→31.15 Å / Num. obs: 24347 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 49.3 % / Rmerge(I) obs: 0.904 / Net I/σ(I): 2.07 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.992 / Num. unique obs: 3125 / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→31.15 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 41.27 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→31.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 1.5841 Å / Origin y: 4.1253 Å / Origin z: 27.62 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |