PDB-8wfg: The Crystal Structure of KEAP1 from Biortus.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wfg

タイトル

The Crystal Structure of KEAP1 from Biortus.

要素

Kelch-like ECH-associated protein 1

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Host-virus interaction Ubl conjugation pathway

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite /

封入体 / cellular response to interleukin-4 /

regulation of autophagy /

マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.251 Å

データ登録者

Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Shen, Z.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The Crystal Structure of KEAP1 from Biortus.
著者: Wang, F. / Cheng, W. / Yuan, Z. / Qi, J. / Shen, Z.

履歴

登録	2023年9月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年11月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wfg.cif.gz	41.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wfg.ent.gz	25.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wfg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/8wfg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/8wfg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

14.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
29.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.647, 42.647, 266.672
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-236- HOH

#1: タンパク質	Kelch-like ECH-associated protein 1 分子量: 14880.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.14-0.24M lithium acetate, 18-21% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95374 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→36.93 Å / Num. obs: 7520 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 28.6 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 28.6
反射シェル	解像度: 2.25→2.32 Å / R_merge(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 654

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.251→36.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 7.041 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.308 / ESU R Free: 0.231 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2646	403	5.36 %
R_work	0.2291	7116	-
all	0.231	-	-
obs	-	7519	98.545 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.637 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.916 Å²	0.458 Å²	0 Å²
2-	-	0.916 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.973 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.251→36.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	980	0	0	45	1025

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	996
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	962
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.268	1.63	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.192	1.573	2209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.703	5	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.679	23.542	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.209	15	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.078	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1115
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.164	0.2	836
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	481
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	458
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.137	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.903	4.769	498
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.901	4.764	497
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.468	7.12	619
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.465	7.125	620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.426	5.354	498
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.422	5.355	499
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.586	7.814	724
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.582	7.816	725
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.979	55.472	1069
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.98	55.428	1064

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.251-2.309	0.249	24	0.297	499	X-RAY DIFFRACTION	97.757
2.309-2.372	0.392	29	0.263	502	X-RAY DIFFRACTION	97.9705
2.372-2.441	0.333	33	0.258	447	X-RAY DIFFRACTION	98.1595
2.441-2.516	0.277	28	0.244	471	X-RAY DIFFRACTION	97.8431
2.516-2.598	0.369	18	0.211	430	X-RAY DIFFRACTION	97.6035
2.598-2.689	0.283	26	0.247	466	X-RAY DIFFRACTION	98.2036
2.689-2.79	0.358	23	0.257	402	X-RAY DIFFRACTION	98.1524
2.79-2.903	0.272	18	0.233	429	X-RAY DIFFRACTION	98.8938
2.903-3.032	0.426	20	0.257	401	X-RAY DIFFRACTION	98.8263
3.032-3.179	0.247	28	0.225	372	X-RAY DIFFRACTION	98.7654
3.179-3.35	0.243	21	0.238	368	X-RAY DIFFRACTION	98.9822
3.35-3.552	0.264	27	0.22	355	X-RAY DIFFRACTION	98.4536
3.552-3.795	0.256	20	0.224	324	X-RAY DIFFRACTION	99.422
3.795-4.097	0.261	17	0.207	311	X-RAY DIFFRACTION	99.696
4.097-4.484	0.178	11	0.19	301	X-RAY DIFFRACTION	99.6805
4.484-5.007	0.239	13	0.198	274	X-RAY DIFFRACTION	99.6528
5.007-5.77	0.198	13	0.255	248	X-RAY DIFFRACTION	98.8636
5.77-7.037	0.418	14	0.278	220	X-RAY DIFFRACTION	99.5745
7.037-9.829	0.165	14	0.177	171	X-RAY DIFFRACTION	98.9305
9.829-36.93	0.314	6	0.257	125	X-RAY DIFFRACTION	97.037

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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