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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8w2r | ||||||
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タイトル | HIV-1 P5-IN intasome core | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / HIV-1 / integrase (インテグラーゼ) / nucleoprotein complexes / INSTI / intasome / CryoEM (低温電子顕微鏡法) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / DNA recombination / symbiont entry into host cell / DNA binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | ||||||
データ登録者 | Li, M. / Craigie, R. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024 タイトル: HIV-1 Integrase Assembles Multiple Species of Stable Synaptic Complex Intasomes That Are Active for Concerted DNA Integration In vitro. 著者: Min Li / Renbin Yang / Xuemin Chen / Huaibin Wang / Rodolfo Ghirlando / Emilios K Dimitriadis / Robert Craigie / 要旨: Retroviral DNA integration is mediated by nucleoprotein complexes (intasomes) in which a pair of viral DNA ends are bridged by a multimer of integrase (IN). Most of the high-resolution structures of ...Retroviral DNA integration is mediated by nucleoprotein complexes (intasomes) in which a pair of viral DNA ends are bridged by a multimer of integrase (IN). Most of the high-resolution structures of HIV-1 intasomes are based on an HIV-1 IN with an Sso7d protein domain fused to the N-terminus. Sso7d-IN aggregates much less than wild-type IN and has been critical for structural studies of HIV-1 intasomes. Unexpectedly, these structures revealed that the common core architecture that mediates catalysis could be assembled in various ways, giving rise to both tetrameric and dodecameric intasomes, together with other less well-characterized species. This differs from related retroviruses that assemble unique multimeric intasomes, although the number of protomers in the intasome varies between viruses. The question of whether the additional Sso7d domain contributes to the heterogeneity of HIV-1 intasomes is therefore raised. We have addressed this by biochemical and structural studies of intasomes assembled with wild-type HIV-1 IN. Negative stain and cryo-EM reveal a similar range of multimeric intasome species as with Sso7d-IN with the same common core architecture. Stacks of intasomes resulting from domain swapping are also seen with both wild-type and Sso7d-IN intasomes. The propensity to assemble multimeric intasome species is, therefore, an intrinsic property of HIV-1 IN and is not conferred by the presence of the Sso7d domain. The recently solved intasome structures of different retroviral species, which have been reported to be tetrameric, octameric, dodecameric, and hexadecameric, highlight how a common intasome core architecture can be assembled in different ways for catalysis. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8w2r.cif.gz | 340.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8w2r.ent.gz | 236.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8w2r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/8w2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/8w2r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 43756MC 8w09C 8w34C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDIKLM
#1: タンパク質 | 分子量: 39850.418 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2WR39 |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 ENFO
#2: DNA鎖 | 分子量: 8188.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: DNA鎖 | 分子量: 7773.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 3種, 8分子
#4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | #6: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: HIV-1 P5-IN intasomes Core / タイプ: COMPLEX / 詳細: HIV-1 intasomes assembled with P5-IN / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 6.2 |
試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 643000 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 154000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5U1C Accession code: 5U1C / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |