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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vr7 | ||||||
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タイトル | crystal structure of the Pcryo_0619 N-acetyltransferase from Psychrobacter cryohalolentis K5 int he presence of acetyl coenzyme A | ||||||
要素 | Acetyltransferase, putative | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / psychrobacter (サイクロバクター属) / N-acetyltransferase / 2 / 3 / 4-triacetoamido-2 / 4-trideoxy-l-arabinose | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Psychrobacter cryohalolentis K5 (サイクロバクター・クリオハロレンティス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Dunsirn, M.M. / Bockhaus, N.J. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Biochemical Investigation of the Enzymes Required for the Production of 2,3,4-triacetoamido-2,3,4-trideoxy-l-arabinose in Psychrobacter cryohalolentis K5 著者: Bockhaus, N.J. / Dunsirn, M.M. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vr7.cif.gz | 236 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vr7.ent.gz | 188.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vr7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vr7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vr7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 19598.547 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Psychrobacter cryohalolentis K5 (サイクロバクター・クリオハロレンティス) 株: Pcryo_0619 / 遺伝子: Pcryo_0619 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q1QD51 |
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-非ポリマー , 6種, 682分子
#2: 化合物 | ChemComp-ACO / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EP1 / | #6: 化合物 | ChemComp-PAP / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: Protein incubated with 3 mM acetyl-CoA. Precipitant: 8-12% PEG 8000 and 100 mM homopipes (pH 5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 89307 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.5 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 12536 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→29.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 4.632 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.034 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→29.69 Å
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拘束条件 |
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