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万見
- PDB-8tt3: S. thermodepolymerans KpsM-KpsE in Glycolipid 2 state with rigid ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tt3
タイトルS. thermodepolymerans KpsM-KpsE in Glycolipid 2 state with rigid body fitted KpsT
要素
  • ABC transporter ATP-binding protein
  • Capsular biosynthesis protein
  • Transport permease protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ABC transporter / Capsular polysaccharide
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ABC-2 transporter / : / ABC transporter integral membrane type-2 domain profile. / ABC transporter, teichoic acids export TagH-like / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain ...ABC-2 transporter / : / ABC transporter integral membrane type-2 domain profile. / ABC transporter, teichoic acids export TagH-like / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Transport permease protein / Capsular biosynthesis protein / ABC transporter ATP-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Caldimonas thermodepolymerans (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Kuklewicz, J. / Zimmer, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM144130 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Molecular insights into capsular polysaccharide secretion.
著者: Jeremi Kuklewicz / Jochen Zimmer /
要旨: Capsular polysaccharides (CPSs) fortify the cell boundaries of many commensal and pathogenic bacteria. Through the ABC-transporter-dependent biosynthesis pathway, CPSs are synthesized intracellularly ...Capsular polysaccharides (CPSs) fortify the cell boundaries of many commensal and pathogenic bacteria. Through the ABC-transporter-dependent biosynthesis pathway, CPSs are synthesized intracellularly on a lipid anchor and secreted across the cell envelope by the KpsMT ABC transporter associated with the KpsE and KpsD subunits. Here we use structural and functional studies to uncover crucial steps of CPS secretion in Gram-negative bacteria. We show that KpsMT has broad substrate specificity and is sufficient for the translocation of CPSs across the inner bacterial membrane, and we determine the cell surface organization and localization of CPSs using super-resolution fluorescence microscopy. Cryo-electron microscopy analyses of the KpsMT-KpsE complex in six different states reveal a KpsE-encaged ABC transporter, rigid-body conformational rearrangements of KpsMT during ATP hydrolysis and recognition of a glycolipid inside a membrane-exposed electropositive canyon. In vivo CPS secretion assays underscore the functional importance of canyon-lining basic residues. Combined, our analyses suggest a molecular model of CPS secretion by ABC transporters.
履歴
登録2023年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter ATP-binding protein
C: Transport permease protein
D: Transport permease protein
E: Capsular biosynthesis protein
F: Capsular biosynthesis protein
G: Capsular biosynthesis protein
H: Capsular biosynthesis protein
I: Capsular biosynthesis protein
J: Capsular biosynthesis protein
K: Capsular biosynthesis protein
L: Capsular biosynthesis protein
B: ABC transporter ATP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)467,32613
ポリマ－466,51012
非ポリマー8171
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter ATP-binding protein


分子量: 26224.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldimonas thermodepolymerans (バクテリア)
遺伝子: C1702_11080 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S5T4B3
#2: タンパク質 Transport permease protein


分子量: 30800.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldimonas thermodepolymerans (バクテリア)
遺伝子: C1702_11075 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S5T447
#3: タンパク質
Capsular biosynthesis protein


分子量: 44057.266 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caldimonas thermodepolymerans (バクテリア)
遺伝子: C1702_11085 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2S5T4A0
#4: 化合物 ChemComp-KJ9 / (2R,5S,8S)-2,5-dihydroxy-5,10-dioxo-8-[(undecanoyloxy)methyl]-4,6,9-trioxa-5lambda~5~-phosphahenicosan-1-yl 3-deoxy-alpha-L-altro-oct-2-ulopyranosidonic acid


分子量: 816.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H69O17P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ABC transporter KpsMT in complex with polysaccharide co-polymerase KpsE bound to the glycolipid in state 2
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2-#3, #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Caldimonas thermodepolymerans (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86755 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00623220
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.79431484
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.6693176
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0483605
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053965

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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