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万見
- PDB-8t6b: Human VMAT2 in complex with serotonin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t6b
タイトルHuman VMAT2 in complex with serotonin
要素Synaptic vesicular amine transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / transporter (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


serotonin secretion by mast cell / sequestering of neurotransmitter / somato-dendritic dopamine secretion / histamine uptake / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / monoamine:proton antiporter activity / aminergic neurotransmitter loading into synaptic vesicle / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / serotonin:sodium:chloride symporter activity ...serotonin secretion by mast cell / sequestering of neurotransmitter / somato-dendritic dopamine secretion / histamine uptake / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / monoamine:proton antiporter activity / aminergic neurotransmitter loading into synaptic vesicle / clathrin-sculpted monoamine transport vesicle membrane / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / serotonin:sodium:chloride symporter activity / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / serotonin uptake / dopaminergic synapse / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / monoamine transmembrane transporter activity / dopamine transport / monoamine transport / histamine secretion by mast cell / 神経伝達物質輸送体 / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / response to amphetamine / post-embryonic development / secretory granule membrane / locomotory behavior / terminal bouton / synaptic vesicle membrane / response to toxic substance / シナプス小胞 / chemical synaptic transmission / 神経繊維 / intracellular membrane-bounded organelle / 中心体 / 樹状突起 / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
セロトニン / Synaptic vesicular amine transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.72 Å
データ登録者Pidathala, S. / Dai, Y. / Lee, C.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM143282 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Mechanisms of neurotransmitter transport and drug inhibition in human VMAT2.
著者: Shabareesh Pidathala / Shuyun Liao / Yaxin Dai / Xiao Li / Changkun Long / Chi-Lun Chang / Zhe Zhang / Chia-Hsueh Lee /
要旨: Monoamine neurotransmitters such as dopamine and serotonin control important brain pathways, including movement, sleep, reward and mood. Dysfunction of monoaminergic circuits has been implicated in ...Monoamine neurotransmitters such as dopamine and serotonin control important brain pathways, including movement, sleep, reward and mood. Dysfunction of monoaminergic circuits has been implicated in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Vesicular monoamine transporters (VMATs) pack monoamines into vesicles for synaptic release and are essential to neurotransmission. VMATs are also therapeutic drug targets for a number of different conditions. Despite the importance of these transporters, the mechanisms of substrate transport and drug inhibition of VMATs have remained elusive. Here we report cryo-electron microscopy structures of the human vesicular monoamine transporter VMAT2 in complex with the antichorea drug tetrabenazine, the antihypertensive drug reserpine or the substrate serotonin. Remarkably, the two drugs use completely distinct inhibition mechanisms. Tetrabenazine binds VMAT2 in a lumen-facing conformation, locking the luminal gating lid in an occluded state to arrest the transport cycle. By contrast, reserpine binds in a cytoplasm-facing conformation, expanding the vestibule and blocking substrate access. Structural analyses of VMAT2 also reveal the conformational changes following transporter isomerization that drive substrate transport into the vesicle. These findings provide a structural framework for understanding the physiology and pharmacology of neurotransmitter packaging by synaptic vesicular transporters.
履歴
登録2023年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Synaptic vesicular amine transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7192
ポリマ－53,5431
非ポリマー1761
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Synaptic vesicular amine transporter / Monoamine transporter / Solute carrier family 18 member 2 / Vesicular amine transporter 2 / VAT2


分子量: 53542.777 Da / 分子数: 1 / 変異: Y418S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC18A2, SVMT, VMAT2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05940
#2: 化合物 ChemComp-SRO / SEROTONIN / 3-(2-AMINOETHYL)-1H-INDOL-5-OL / セロトニン / セロトニン


分子量: 176.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 神経伝達物質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human VMAT2 in complex with serotonin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 64.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: dev_4788: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 120545 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0032986
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7544059
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.23418
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042483
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.006502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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