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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8swi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of legAS4 from Legionella pneumophila subsp. pneumophila with histone H3 (1-12)peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL INVASION / ankyrin repeats / histone methyltransferase activity (ヒストンメチルトランスフェラーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) ...Chromatin modifying enzymes / epigenetic regulation of gene expression / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / HDMs demethylate histones / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / 遺伝子発現 / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Legionella pneumophila subsp. pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, C. / Chung, I.Y.W. / Cygler, M. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Mbio / 年: 2023 タイトル: The SET and ankyrin domains of the secreted Legionella pneumophila histone methyltransferase work together to modify host chromatin. 著者: Rolando, M. / Wah Chung, I.Y. / Xu, C. / Gomez-Valero, L. / England, P. / Cygler, M. / Buchrieser, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8swi.cif.gz | 106.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8swi.ent.gz | 77.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8swi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/8swi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/8swi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51917.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ) 遺伝子: legAS4, lpg1718 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZUS4 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1308.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431 |
#3: 化合物 | ChemComp-SAH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.69 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris 6.5 and 38% PPG P400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.5212 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年2月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5212 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 12117 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9 % / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 12.89 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Num. unique obs: 1201 / CC1/2: 0.872 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→44.98 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.35 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→44.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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