PDB-8sft: Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with k...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sft

タイトル

Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with kaempferol

要素

UDP-glycosyltransferase 202A2

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) /

glycosylation (グリコシル化) /

xenobiotic (生体異物) /

detoxification /

flavonoids (フラボノイド)

機能・相同性

UDP-glycosyltransferase activity / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase /

生体膜 / Chem-KMP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Unknown ligand / UDP-glycosyltransferase 202A2

機能・相同性情報

生物種

Tetranychus urticae (なみはだに)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Arriaza, R.H. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with kaempferol
著者: Arriaza, R.H. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2023年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sft.cif.gz	860.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sft.ent.gz	548.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sft	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-glycosyltransferase 202A2

B: UDP-glycosyltransferase 202A2

C: UDP-glycosyltransferase 202A2

D: UDP-glycosyltransferase 202A2

ヘテロ分子

200 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-glycosyltransferase 202A2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
50.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: UDP-glycosyltransferase 202A2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: UDP-glycosyltransferase 202A2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: UDP-glycosyltransferase 202A2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.277, 159.906, 163.311
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	LYS	LYS	11 - 436	11 - 436
2	1	1	LYS	LYS	11 - 436	11 - 436
3	2	2	LEU	LEU	11 - 437	11 - 437
4	2	2	LEU	LEU	11 - 437	11 - 437
5	3	3	LEU	LEU	11 - 437	11 - 437
6	3	3	LEU	LEU	11 - 437	11 - 437
7	4	4	LYS	LYS	11 - 436	11 - 436
8	4	4	LYS	LYS	11 - 436	11 - 436
9	5	5	LEU	LEU	11 - 437	11 - 437
10	5	5	LEU	LEU	11 - 437	11 - 437
11	6	6	LEU	LEU	11 - 437	11 - 437
12	6	6	LEU	LEU	11 - 437	11 - 437

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	UDP-glycosyltransferase 202A2 分子量: 48950.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tetranychus urticae (なみはだに) 遺伝子: 107367435, UGT202A2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: T1KUK4

-
非ポリマー , 5種, 216分子

#2: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP / ウリジン二リン酸タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 化合物	ChemComp-KMP / 3,5,7-TRIHYDROXY-2-(4-HYDROXYPHENYL)-4H-CHROMEN-4-ONE / KAEMPHEROL / ケンペロ-ル / ケンペロール分子量: 286.236 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₀O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子量: 103.120 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein incubated with 1 mM UDP and kaempferol dissolved in ethanol. 0.2 M Ammonium sulfate 0.1 M HEPES pH 7.5 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→40 Å / Num. obs: 56602 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / R_pim(I) all: 0.072 / R_rim(I) all: 0.183 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2.75→2.82 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2850 / CC_1/2: 0.829 / CC star: 0.952 / R_pim(I) all: 0.313 / R_rim(I) all: 0.846 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0405	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
SERGUI		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.75→39.588 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 25.205 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.336 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2316	2773	5.046 %
R_work	0.1915	52178	-
all	0.193	-	-
obs	-	54951	95.592 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.855 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.468 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.83 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.638 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→39.588 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13198	0	186	194	13578

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	13689
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	13033
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.518	1.644	18588
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.823	1.569	30115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.711	5	1691
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.262	5	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.562	10	2311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.075	10	558
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	2086
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	15551
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2920
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	2588
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.217	0.2	11050
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	6587
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	6540
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	275
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.137	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.226	5.535	6785
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.226	5.534	6785
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.718	10.014	8469
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.718	10.015	8470
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.785	6.017	6904
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.785	6.016	6897
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.724	10.864	10119
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.724	10.864	10120
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.131	66.401	56146
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.134	66.409	56097
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.093	0.05	13301
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.089	0.05	13230
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.091	0.05	12679
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.089	0.05	13255
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.092	0.05	12764
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.082	0.05	12672

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09309	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09309	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08904	0.05008
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08904	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0913	0.05008
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0913	0.05008
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08948	0.05008
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08948	0.05008
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09212	0.05008
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09212	0.05008
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08199	0.05008
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08199	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.75-2.821	0.351	210	0.284	3904	0.288	4181	0.931	0.947	98.3975	0.258
2.821-2.898	0.308	191	0.245	3814	0.248	4063	0.941	0.961	98.5725	0.216
2.898-2.982	0.275	210	0.235	3685	0.237	3948	0.955	0.964	98.6575	0.205
2.982-3.073	0.289	178	0.221	3656	0.224	3861	0.939	0.968	99.3007	0.194
3.073-3.173	0.266	192	0.221	3469	0.223	3720	0.951	0.968	98.414	0.193
3.173-3.283	0.259	174	0.215	3422	0.217	3621	0.956	0.969	99.3096	0.19
3.283-3.407	0.263	174	0.197	3326	0.2	3503	0.956	0.976	99.9144	0.177
3.407-3.545	0.234	176	0.182	3191	0.185	3374	0.962	0.981	99.7925	0.169
3.545-3.701	0.211	148	0.178	3062	0.18	3231	0.973	0.982	99.35	0.167
3.701-3.88	0.209	151	0.173	2882	0.175	3103	0.973	0.981	97.7441	0.165
3.88-4.087	0.2	139	0.16	2739	0.162	2969	0.976	0.984	96.935	0.155
4.087-4.332	0.188	123	0.149	2510	0.151	2805	0.975	0.986	93.8681	0.148
4.332-4.628	0.173	114	0.148	2246	0.149	2645	0.981	0.986	89.225	0.148
4.628-4.993	0.174	124	0.15	2049	0.152	2477	0.981	0.986	87.7271	0.153
4.993-5.461	0.222	121	0.172	1943	0.175	2289	0.971	0.982	90.1704	0.175
5.461-6.091	0.239	93	0.182	1831	0.185	2089	0.966	0.981	92.1015	0.187
6.091-7.005	0.274	102	0.2	1590	0.204	1868	0.954	0.973	90.5782	0.207
7.005-8.513	0.206	83	0.193	1261	0.194	1595	0.968	0.976	84.2633	0.207
8.513-11.771	0.236	43	0.187	892	0.19	1285	0.972	0.982	72.7626	0.207
11.771-39.588	0.271	27	0.321	688	0.32	813	0.959	0.938	87.9459	0.351

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4483	0.265	-0.3311	0.2165	-0.2715	0.8826	-0.0131	-0.0742	0.0891	-0.0304	0.0368	0.0059	0.0365	-0.0293	-0.0237	0.0197	0.0093	0.0079	0.2618	-0.0271	0.2708	31.368	5.057	67.184
2	0.2169	0.0021	-0.0757	0.5389	-0.2643	0.6457	-0.0026	0.0703	-0.0201	0.0246	0.0152	-0.0159	0.0585	-0.0178	-0.0126	0.0115	-0.0034	0.0051	0.2421	-0.0284	0.277	28.985	-9.758	28.206
3	0.4178	-0.5298	0.1577	1.2472	-0.4622	0.31	0.0384	0.1028	-0.1105	0.031	-0.0391	0.1256	-0.0181	0.0354	0.0008	0.0157	0.0102	-0.0089	0.14	-0.045	0.3965	71.478	-28.95	34.919
4	0.4321	-0.0749	-0.2389	0.7698	-0.2409	0.4662	-0.0132	-0.0554	0.1055	0.0142	0.0234	0.1067	0.0535	0.0501	-0.0102	0.0161	-0.0093	-0.0031	0.1534	-0.0276	0.3539	74.032	9.155	50.296

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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