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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sdw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the non-myristoylated mutant [L8K]Arf1 in complex with a GDP analogue | ||||||
要素 | ADP-ribosylation factor 1ARF1 | ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / GTPase (GTPアーゼ) / G protein (Gタンパク質) / GDP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / regulation of receptor internalization / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Intra-Golgi traffic / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Nef Mediated CD4 Down-regulation / dendritic spine organization / long-term synaptic depression / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic ...mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / regulation of receptor internalization / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Intra-Golgi traffic / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Nef Mediated CD4 Down-regulation / dendritic spine organization / long-term synaptic depression / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / cell leading edge / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / intracellular copper ion homeostasis / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / sarcomere / 低分子量GTPアーゼ / intracellular protein transport / cellular response to virus / postsynaptic density / neuron projection / protein domain specific binding / ゴルジ体 / focal adhesion / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Rosenberg Jr., E.M. / Randazzo, P.A. / Esser, L. / Xia, D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2024 タイトル: Point mutations in Arf1 reveal cooperative effects of the N-terminal extension and myristate for GTPase-activating protein catalytic activity. 著者: Rosenberg Jr., E.M. / Jian, X. / Soubias, O. / Jackson, R.A. / Gladu, E. / Andersen, E. / Esser, L. / Sodt, A.J. / Xia, D. / Byrd, R.A. / Randazzo, P.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8sdw.cif.gz | 89.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8sdw.ent.gz | 64.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8sdw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/8sdw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sd/8sdw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20737.764 Da / 分子数: 1 / 変異: L8K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: P84077, 低分子量GTPアーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-G3D / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.26 % / 解説: Needle-like crystals |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.2 M Sodium nitrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, pH 6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月15日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 18613 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rpim(I) all: 0.025 / Χ2: 0.981 / Net I/σ(I): 27.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→39.24 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.24 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å /
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