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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8qry | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the yeast spindle body component Spc98 | ||||||
要素 | Spindle pole body component | ||||||
キーワード | CELL CYCLE (細胞周期) / yeast cell division (細胞分裂) / yeast spindle pole body | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / spindle pole body / gamma-tubulin binding / 紡錘体 / 微小管 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å | ||||||
データ登録者 | Bellini, D. / Yatskevich, S. / Barford, D. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of the yeast spindle body component Spc98 著者: Bellini, D. / Yatskevich, S. / Barford, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8qry.cif.gz | 32.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8qry.ent.gz | 20.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8qry.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/8qry ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qr/8qry | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10826.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: SPC98 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4BVY6 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.62 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Morpheus B4: PEG 3350/PEG 1K/MPD (1:1:1) 37.5%, MES/imidazole 0.1M pH 6.5, Morpheus Halides 90 mM |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年8月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→65.57 Å / Num. obs: 7339 / % possible obs: 99.24 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.981 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.9 Å / Num. unique obs: 282 / CC1/2: 0.596 / Rrim(I) all: 0.434 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→37.26 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.62 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→37.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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