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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8q6u | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a double mutant acetyltransferase from Bacillus cereus species. | ||||||
要素 | Aminoglycoside N6'-acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Acetyltransferase | ||||||
機能・相同性 | aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase / aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase activity / Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminoglycoside N6'-acetyltransferase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus cereus ATCC 14579 (セレウス菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.516 Å | ||||||
データ登録者 | Silvestre, H.L. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024 タイトル: Functional and structural characterisation of RimL from Bacillus cereus, a new N alpha-acetyltransferase of ribosomal proteins that was wrongly assigned as an aminoglycosyltransferase. 著者: Leonardo Silvestre, H. / Asensio, J.L. / Blundell, T.L. / Bastida, A. / Bolanos-Garcia, V.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8q6u.cif.gz | 154.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8q6u.ent.gz | 121 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8q6u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/8q6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/8q6u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6erdC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19667.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (セレウス菌) 遺伝子: BC_2494 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81D84 #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 % |
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結晶化 | 温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 2mM zinc chloride, 100 mM Tris pH 8.0, 20 % w/v PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月7日 |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.516→52.321 Å / Num. obs: 31633 / % possible obs: 74.5 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.516→1.636 Å / Num. unique obs: 1583 / CC1/2: 0.693 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.516→19.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU R Cruickshank DPI: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.14 / SU Rfree Blow DPI: 0.124 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.123
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.08 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.516→19.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.52→1.59 Å
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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