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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pkv | ||||||
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タイトル | Kelch domain of KEAP1 in complex with a ortho-dimethylbenzene linked cyclic peptide 4 (ortho-WRCDEETGEC). | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / Peptide inhibitor / Inhibitor complex (酵素阻害剤) / cyclic peptide (環状ペプチド) / Ubiquitin ligase (ユビキチンリガーゼ) / NRF2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / disordered domain specific binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cellular response to oxidative stress / Neddylation / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / protein ubiquitination / Ub-specific processing proteases / 小胞体 / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Braun, M.B. / Bischof, L. / Hartmann, M.D. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2023 タイトル: Computational Prediction of Cyclic Peptide Structural Ensembles and Application to the Design of Keap1 Binders. 著者: Fonseca Lopez, F. / Miao, J. / Damjanovic, J. / Bischof, L. / Braun, M.B. / Ling, Y. / Hartmann, M.D. / Lin, Y.S. / Kritzer, J.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pkv.cif.gz | 275.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pkv.ent.gz | 209.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pkv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/8pkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/8pkv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8pkuC 8pkwC 8pkxC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABP
#1: タンパク質 | 分子量: 34624.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1220.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-非ポリマー , 7種, 410分子
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-NA / #8: 化合物 | ChemComp-ZK2 / ( | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Bis-Tris pH 6.5, 1.5 M NH4SO4, 0.2 % PEG 550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00001 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00001 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→42.19 Å / Num. obs: 107030 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 7.07 % / Biso Wilson estimate: 30.97 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 18.77 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique obs: 16859 / CC1/2: 0.495 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→42.19 Å / SU ML: 0.2641 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.5632 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→42.19 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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