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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p6a | |||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of human SLC15A4 in outward-open state | |||||||||
要素 | Solute carrier family 15 member 4 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / transporter (運搬体タンパク質) / lysosome (リソソーム) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-histidine transmembrane transporter activity / histidine transport / mast cell homeostasis / L-histidine transmembrane export from vacuole / peptidoglycan transmembrane transporter activity / peptidoglycan transport / Proton/oligopeptide cotransporters / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway ...L-histidine transmembrane transporter activity / histidine transport / mast cell homeostasis / L-histidine transmembrane export from vacuole / peptidoglycan transmembrane transporter activity / peptidoglycan transport / Proton/oligopeptide cotransporters / positive regulation of toll-like receptor 8 signaling pathway / regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / dipeptide import across plasma membrane / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / peptide:proton symporter activity / dipeptide transmembrane transporter activity / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / positive regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / endolysosome membrane / positive regulation of innate immune response / specific granule membrane / monoatomic ion transport / protein transport / early endosome membrane / lysosomal membrane / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å | |||||||||
データ登録者 | Parker, J.L. / Kato, T. / Newstead, S. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: cryo-EM structure of human SLC15A4 PHT1 in outward-open state 著者: Parker, J.L. / Kato, T. / Newstead, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8p6a.cif.gz | 98 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8p6a.ent.gz | 63.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8p6a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/8p6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/8p6a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 17462MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63327.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC15A4, PHT1, PTR4, FP12591 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N697 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: SLC15A4 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 44.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 694787 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 80.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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