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万見
- PDB-8ouf: The H/ACA RNP lobe of human telomerase with the dyskerin thumb lo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ouf
タイトルThe H/ACA RNP lobe of human telomerase with the dyskerin thumb loop in an open conformation
要素
  • (H/ACA ribonucleoprotein complex subunit ...) x 4
  • Human telomerase RNAテロメラーゼRNA要素
  • Telomerase Cajal body protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / telomerase (テロメラーゼ) / H/ACA / pseudouridylation (シュードウリジン) / ribonucleoprotein (核タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


telomere formation via telomerase / box H/ACA scaRNP complex / box H/ACA telomerase RNP complex / telomerase RNA localization to Cajal body / protein localization to Cajal body / Cajal body organization / snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing ...telomere formation via telomerase / box H/ACA scaRNP complex / box H/ACA telomerase RNP complex / telomerase RNA localization to Cajal body / protein localization to Cajal body / Cajal body organization / snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / snRNA pseudouridine synthesis / 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの / mRNA pseudouridine synthesis / enzyme-directed rRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthesis / telomerase RNA stabilization / box H/ACA snoRNA binding / telomerase activity / regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / pseudouridine synthase activity / scaRNA localization to Cajal body / positive regulation of protein localization to Cajal body / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / telomerase RNA binding / telomerase holoenzyme complex / rRNA modification in the nucleus and cytosol / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / RNA folding / Telomere Extension By Telomerase / telomere maintenance via telomerase / カハール体 / 転写後修飾 / maturation of LSU-rRNA / positive regulation of telomerase activity / positive regulation of DNA repair / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / 核小体 / rRNA processing / site of double-strand break / cytosolic large ribosomal subunit / histone binding / protein-folding chaperone binding / chromosome, telomeric region / nuclear body / DNA修復 / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / 核小体 / RNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily / Nucleolar RNA-binding protein, Nop10p family ...H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily / Nucleolar RNA-binding protein, Nop10p family / Pseudouridine synthase II, N-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain profile. / PUA domain superfamily / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / PUA-like superfamily / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit DKC1 / Telomerase Cajal body protein 1 / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3 / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2 / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ghanim, G.E. / Sekne, Z. / van Roon, A.M.M. / Balch, S. / Nguyen, T.H.D.
資金援助 英国, 米国, European Union, 3件
組織認可番号国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_1201/19 英国
Jane Coffin Childs (JCC) Fund 米国
European Molecular Biology Organization (EMBO)European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: 2.7 Å cryo-EM structure of human telomerase H/ACA ribonucleoprotein.
著者: George E Ghanim / Zala Sekne / Sebastian Balch / Anne-Marie M van Roon / Thi Hoang Duong Nguyen /
要旨: Telomerase is a ribonucleoprotein (RNP) enzyme that extends telomeric repeats at eukaryotic chromosome ends to counterbalance telomere loss caused by incomplete genome replication. Human telomerase ...Telomerase is a ribonucleoprotein (RNP) enzyme that extends telomeric repeats at eukaryotic chromosome ends to counterbalance telomere loss caused by incomplete genome replication. Human telomerase is comprised of two distinct functional lobes tethered by telomerase RNA (hTR): a catalytic core, responsible for DNA extension; and a Hinge and ACA (H/ACA) box RNP, responsible for telomerase biogenesis. H/ACA RNPs also have a general role in pseudouridylation of spliceosomal and ribosomal RNAs, which is critical for the biogenesis of the spliceosome and ribosome. Much of our structural understanding of eukaryotic H/ACA RNPs comes from structures of the human telomerase H/ACA RNP. Here we report a 2.7 Å cryo-electron microscopy structure of the telomerase H/ACA RNP. The significant improvement in resolution over previous 3.3 Å to 8.2 Å structures allows us to uncover new molecular interactions within the H/ACA RNP. Many disease mutations are mapped to these interaction sites. The structure also reveals unprecedented insights into a region critical for pseudouridylation in canonical H/ACA RNPs. Together, our work advances understanding of telomerase-related disease mutations and the mechanism of pseudouridylation by eukaryotic H/ACA RNPs.
履歴
登録2023年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Human telomerase RNA
C: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit DKC1
D: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1
E: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2
F: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3
G: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit DKC1
H: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1
I: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2
J: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3
K: Telomerase Cajal body protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)415,06110
ポリマ－415,06110
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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H/ACA ribonucleoprotein complex subunit ... , 4種, 8分子 CGDHEIFJ

#2: タンパク質 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit DKC1 / CBF5 homolog / Dyskerin / Nopp140-associated protein of 57 kDa / Nucleolar protein NAP57 / ...CBF5 homolog / Dyskerin / Nopp140-associated protein of 57 kDa / Nucleolar protein NAP57 / Nucleolar protein family A member 4 / snoRNP protein DKC1


分子量: 57779.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: 293T / 器官: Kidney腎臓 / Plasmid details: endogenous / 参照: UniProt: O60832
#3: タンパク質 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1 / Nucleolar protein family A member 1 / snoRNP protein GAR1


分子量: 22387.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: 293T / 器官: Kidney腎臓 / Plasmid details: endogenous / 参照: UniProt: Q9NY12
#4: タンパク質 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2 / Nucleolar protein family A member 2 / snoRNP protein NHP2


分子量: 17226.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: 293T / 器官: Kidney腎臓 / Plasmid details: endogenous / 参照: UniProt: Q9NX24
#5: タンパク質 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3 / Nucleolar protein 10 / Nucleolar protein family A member 3 / snoRNP protein NOP10


分子量: 7719.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: 293T / 器官: Kidney腎臓 / Plasmid details: endogenous / 参照: UniProt: Q9NPE3

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RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 2分子 BK

#1: RNA鎖 Human telomerase RNA / テロメラーゼRNA要素


分子量: 145477.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: 293T / 器官: Kidney腎臓 / プラスミド: pcDNA 3.1
詳細 (発現宿主): pcDNA 3.1 inserted with U3 promoter-hTR gene-hepatitis virus D ribozyme
細胞株 (発現宿主): 293T / 器官 (発現宿主): Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 1932797
#6: タンパク質 Telomerase Cajal body protein 1 / WD repeat-containing protein 79 / WD40 repeat-containing protein antisense to TP53 gene / WRAP53beta


分子量: 59357.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: 293T / 器官: Kidney腎臓 / Plasmid details: endogenous / 参照: UniProt: Q9BUR4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Human telomerase H/ACA RNP lobeCOMPLEXThe hTR H/ACA motif, which adopts a double-hairpin structure hinged by the H-box and flanked by the ACA box, scaffolds the assembly of two copies each of dyskerin, NHP2, NOP10 and GAR1, one on each hairpin. TCAB1 binds the CAB box.all0MULTIPLE SOURCES
2Telomerase H/ACA RNP lobeCOMPLEX#2-#61NATURAL
3Human telomerase RNAテロメラーゼRNA要素COMPLEX#11RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.415 MDaNO
22
33
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞プラスミド
11Homo sapiens (ヒト)9606
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Homo sapiens (ヒト)9606293TpcDNA3.1 U3-hTR-HDV
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120.0 mMHEPESC8H18N2O4S1
2150.0 mMSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
32.0 mMMagnesium chlorideMgCl21
40.05 %Igepal CA630(C2H4O)nC14H22O1
51.0 %TrehaloseトレハロースC12H22O111
61.0 mMDTTC4H10O2S21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 45872 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最低温度: 78 K
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 41053
詳細: Images were collected in movie-mode and fractionated into 48 movie frames
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0256 / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4粒子像選択
2EPU2.13.0.3175REL画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.9.8.1モデルフィッティング
8ISOLDE1.5モデルフィッティング
9UCSF ChimeraX1.5モデルフィッティング
11RELION4初期オイラー角割当
12RELION4最終オイラー角割当
13RELION4分類
14RELION4３次元再構成
15REFMAC5.8モデル精密化
16PHENIX1.20-4459モデル精密化
画像処理詳細: All images were processed using RELION4.0 and CryoSPARC 4.1.2
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 18744992
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145627 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 7BGB

7bgb


Accession code: 7BGB / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 3.1→3.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / SU B: 16.611 / SU ML: 0.267 / ESU R: 0.422
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.29752 --
obs0.29752 134803 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 119.935 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.09 Å2-0.18 Å20.58 Å2
2--6.64 Å2-5.75 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 15237
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0050.01815747
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0020.0213833
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.0921.87121707
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.937332208
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg7.51451661
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg36.86323.344601
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg12.529152471
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg18.67315106
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0610.22386
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0050.02115972
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.023243
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it4.51111.7746683
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other4.51111.7736682
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it7.49417.6478331
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other7.49317.6498332
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it4.33512.6689064
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other4.33512.6689064
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other7.3518.83513376
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined14.36161441
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other14.3661442
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.12→3.201 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.54 9923 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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