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- PDB-8oio: Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8oio
タイトルCrystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with PLEKHA4 peptide
要素
  • Kelch-like protein 12
  • Pleckstrin homology domain-containing family A member 4
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Inhibitor / Complex / Interaction Motif / KLHL12 / PLEKHA4
機能・相同性
機能・相同性情報


neural crest formation / neural crest cell development / COPII vesicle coat / COPII vesicle coating / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle ...neural crest formation / neural crest cell development / COPII vesicle coat / COPII vesicle coating / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / protein monoubiquitination / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / centriolar satellite / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / Degradation of DVL / Wntシグナル経路 / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / intracellular membrane-bounded organelle / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
PKHA4-7, PH domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain ...PKHA4-7, PH domain / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / PH domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Kelch-like protein 12 / Pleckstrin homology domain-containing family A member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.954 Å
データ登録者Dalietou, E.V. / Chen, Z. / Ramdass, A.E. / Manning, C. / Richardson, W. / Aitmakhanova, K. / Platt, M. / Pike, A.C.W. / Fedorov, O. / Brennan, P. / Bullock, A.N.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T008784/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the kelch domain of human KLHL12 in complex with PLEKHA4 peptide
著者: Dalietou, E.V. / Chen, Z. / Ramdass, A.E. / Manning, C. / Richardson, W. / Aitmakhanova, K. / Platt, M. / Pike, A.C.W. / Fedorov, O. / Brennan, P. / Bullock, A.N.
履歴
登録2023年3月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年4月17日Group: Advisory / Atomic model / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_seq_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id
改定 2.12024年4月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like protein 12
B: Kelch-like protein 12
C: Kelch-like protein 12
D: Kelch-like protein 12
F: Pleckstrin homology domain-containing family A member 4
G: Pleckstrin homology domain-containing family A member 4
H: Pleckstrin homology domain-containing family A member 4
E: Pleckstrin homology domain-containing family A member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,83817
ポリマ－135,4248
非ポリマー4159
水7,008389
1
A: Kelch-like protein 12
E: Pleckstrin homology domain-containing family A member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9183
ポリマ－33,8562
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area740 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area11460 Å2
手法PISA
2
B: Kelch-like protein 12
F: Pleckstrin homology domain-containing family A member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1479
ポリマ－33,8562
非ポリマー2917
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area11750 Å2
手法PISA
3
C: Kelch-like protein 12
G: Pleckstrin homology domain-containing family A member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9183
ポリマ－33,8562
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area670 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area11570 Å2
手法PISA
4
D: Kelch-like protein 12
H: Pleckstrin homology domain-containing family A member 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8562
ポリマ－33,8562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area860 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.469, 73.086, 103.734
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDFGHE

#1: タンパク質
Kelch-like protein 12 / / CUL3-interacting protein 1 / DKIR homolog / hDKIR


分子量: 32905.879 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLHL12, C3IP1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53G59
#2: タンパク質・ペプチド
Pleckstrin homology domain-containing family A member 4 / PH domain-containing family A member 4 / Phosphoinositol 3-phosphate-binding protein 1 / PEPP-1


分子量: 950.004 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: Pleckstrin homology domain-containing family A member 4 (PLEKHA4) 11-mer peptide
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H4M7

-
非ポリマー , 4種, 398分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M citrate pH 5.5, 0.4 M NaCl, 27,1% PEG8K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979499 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979499 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.954→79.52 Å / Num. obs: 86247 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 29.59 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.954→1.988 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 4299 / CC1/2: 0.309 / CC star: -0 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.0.5data processing
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless0.7.7データスケーリング
XDSFeb 5, 2021 (BUILT 20210323)データ削減
STARANISO2.3.73 (20210329)データスケーリング
pointless1.12.10データスケーリング
PHASER1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.954→79.52 Å / SU ML: 0.2992 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.3873
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 4317 5.03 %
Rwork0.1996 81577 -
obs0.2021 85894 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.954→79.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8671 0 24 389 9084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00718965
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.870912224
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05861371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00641572
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.36573150
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.954-1.980.36761310.34592631X-RAY DIFFRACTION96.14
1.98-20.4091290.35032598X-RAY DIFFRACTION96.5
2-2.020.38581440.33622682X-RAY DIFFRACTION98.67
2.02-2.050.39151390.32952707X-RAY DIFFRACTION98.92
2.05-2.080.3461610.31422647X-RAY DIFFRACTION99.43
2.08-2.110.35031540.28672712X-RAY DIFFRACTION99.58
2.11-2.140.31271460.28082725X-RAY DIFFRACTION99.79
2.14-2.170.30571390.28222699X-RAY DIFFRACTION99.89
2.17-2.20.30171430.26522711X-RAY DIFFRACTION99.96
2.2-2.240.34651440.26092743X-RAY DIFFRACTION99.9
2.24-2.280.30751360.23842692X-RAY DIFFRACTION99.96
2.28-2.320.29361530.23612719X-RAY DIFFRACTION99.9
2.32-2.360.30591510.23142745X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.410.29651340.23742695X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.460.28221440.23172725X-RAY DIFFRACTION99.93
2.46-2.520.29031480.22442754X-RAY DIFFRACTION99.97
2.52-2.580.26611340.22162710X-RAY DIFFRACTION99.96
2.58-2.650.26021730.20692681X-RAY DIFFRACTION99.96
2.65-2.730.27071520.20432720X-RAY DIFFRACTION99.93
2.73-2.820.22071240.21142767X-RAY DIFFRACTION99.97
2.82-2.920.29561480.19552703X-RAY DIFFRACTION99.93
2.92-3.040.26551330.20322738X-RAY DIFFRACTION99.83
3.04-3.170.24051370.20262738X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.340.24951210.18032781X-RAY DIFFRACTION99.86
3.34-3.550.25861430.18732718X-RAY DIFFRACTION99.9
3.55-3.830.23471330.17062771X-RAY DIFFRACTION99.97
3.83-4.210.19591650.14612722X-RAY DIFFRACTION99.97
4.21-4.820.16131540.12822735X-RAY DIFFRACTION99.97
4.82-6.070.17381520.15512784X-RAY DIFFRACTION99.86
6.07-79.520.2181520.18232824X-RAY DIFFRACTION99.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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