PDB-8j2v: Glucosyl transferase NbUGT72AY1 co-crystallized with Scopoletin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8j2v

タイトル

Glucosyl transferase NbUGT72AY1 co-crystallized with Scopoletin

要素

Glycosyltransferase

グリコシルトランスフェラーゼ

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Glucosyl transferase

機能・相同性

UDP-glucosyltransferase activity / UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase /

転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / 7-hydroxy-6-methoxy-2H-1-benzopyran-2-one /

グリコシルトランスフェラーゼ

機能・相同性情報

生物種

Nicotiana tabacum (タバコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Arold, S.T. / Hameed, U.F.S.

資金援助

サウジアラビア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Glucosyl transferase NbUGT72AY1 co-crystallized with Scopoletin
著者: Arold, S.T. / Hameed, U.F.S.

履歴

登録	2023年4月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8j2v.cif.gz	202 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8j2v.ent.gz	160.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8j2v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/8j2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/8j2v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8j2s 8j2u
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

54.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.580, 103.660, 54.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-668- HOH

#1: タンパク質	Glycosyltransferase / グリコシルトランスフェラーゼ分子量: 53945.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8K1ZRH3
#2: 化合物	ChemComp-T83 / 7-hydroxy-6-methoxy-2H-1-benzopyran-2-one / スコポレチン / スコポレチン分子量: 192.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₈O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 30 % w/v PEG 5000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→47.94 Å / Num. obs: 31435 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 10.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.02
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / Num. unique obs: 2558 / CC_1/2: 0.621

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→47.94 Å / SU B: 11.591 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.169
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.229	1576	5 %	RANDOM
R_work	0.189	-	-	-
obs	0.191	29930	96.6 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→47.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3742	0	19	110	3871

LS精密化シェル

解像度: 2→2.048 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	89	-
R_work	0.372	-	-
obs	-	1693	75.93 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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