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- PDB-8ivi: crystal structure of a medium-long chain fatty acyl-CoA ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ivi
タイトルcrystal structure of a medium-long chain fatty acyl-CoA ligase
要素Medium/long-chain-fatty-acid--CoA ligase FadD8
キーワードLIGASE (リガーゼ) / fatty acyl-CoA / mycobacterial protein
機能・相同性
機能・相同性情報


medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / medium-chain acyl-CoA ligase / long-chain-fatty-acid-CoA ligase / : / long-chain fatty acid-CoA ligase activity / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
Medium/long-chain-fatty-acid--CoA ligase FadD8
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Li, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Health Commission of Henan ProvinceLHGJ20190242 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2023
タイトル: Structural study of medium-long chain fatty acyl-CoA ligase FadD8 from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Li, S. / Qu, Y.
履歴
登録2023年3月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Medium/long-chain-fatty-acid--CoA ligase FadD8
B: Medium/long-chain-fatty-acid--CoA ligase FadD8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,6082
ポリマ－126,6082
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area30380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.230, 105.000, 135.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Medium/long-chain-fatty-acid--CoA ligase FadD8 / FACL8


分子量: 63304.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
遺伝子: fadD8, Rv0551c / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O06417, medium-chain acyl-CoA ligase, long-chain-fatty-acid-CoA ligase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→66.24 Å / Num. obs: 81612 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.29→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.825 / Num. unique obs: 3149

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.29→52.5 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2751 3778 4.63 %
Rwork0.2466 --
obs0.2479 81612 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→52.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6266 0 0 0 6266
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1638726
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.3887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063998
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091134
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.29-2.320.38761400.38992838X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.350.41491420.37392945X-RAY DIFFRACTION100
2.35-2.380.36231390.37252898X-RAY DIFFRACTION99
2.38-2.420.41641430.35012885X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.450.36031400.34092898X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.490.40571360.35362844X-RAY DIFFRACTION99
2.49-2.530.35251410.34512950X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.570.39241380.32972852X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.620.38651370.32922902X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.670.40761410.32312910X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.730.3181410.31722875X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.790.36581430.3232905X-RAY DIFFRACTION99
2.79-2.850.35871450.30992886X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.920.32631380.32562883X-RAY DIFFRACTION100
2.92-30.29291390.30692917X-RAY DIFFRACTION100
3-3.090.32821410.31852889X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.190.3271360.30882890X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.30.32271390.2952880X-RAY DIFFRACTION99
3.3-3.430.28961410.28482862X-RAY DIFFRACTION99
3.44-3.590.31581380.26562875X-RAY DIFFRACTION99
3.59-3.780.31391430.25462884X-RAY DIFFRACTION100
3.78-4.020.25031420.22082879X-RAY DIFFRACTION99
4.02-4.330.26281460.20972876X-RAY DIFFRACTION99
4.33-4.760.17631350.1932866X-RAY DIFFRACTION98
4.76-5.450.22161420.19942879X-RAY DIFFRACTION99
5.45-6.860.27131370.22882864X-RAY DIFFRACTION99
6.87-52.50.22931350.19152802X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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