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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8img | ||||||
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タイトル | Human cGAS catalytic domain bound with C20 | ||||||
要素 | Cyclic GMP-AMP synthase | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / cGAS / inhibitor (酵素阻害剤) / C20 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / STING mediated induction of host immune responses / 傍分泌 / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / cGAS/STING signaling pathway / regulation of immunoglobulin production / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination ...cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / STING mediated induction of host immune responses / 傍分泌 / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / cGAS/STING signaling pathway / regulation of immunoglobulin production / regulation of T cell activation / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cGMP-mediated signaling / cAMP-mediated signaling / nucleosome binding / positive regulation of type I interferon production / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / molecular condensate scaffold activity / determination of adult lifespan / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / DNA修復 / 自然免疫系 / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Zhao, W.F. / Li, J.M. / Xu, Y.C. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2023 タイトル: Discovery of novel cGAS inhibitors based on natural flavonoids. 著者: Li, J. / Xiong, M. / Liu, J. / Zhang, F. / Li, M. / Zhao, W. / Xu, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8img.cif.gz | 153.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8img.ent.gz | 118.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8img.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/8img ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/8img | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8imeC 8imfC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42759.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGAS, C6orf150, MB21D1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N884, cyclic GMP-AMP synthase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-7XZ / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 18-20% V/V PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM CITRATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL02U1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2021年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→37.62 Å / Num. obs: 72429 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 2.289 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5327 / CC1/2: 0.353 / Rpim(I) all: 1.011 / Rrim(I) all: 2.509 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→35.68 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.34 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.68 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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