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- PDB-8i6b: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Uracil-DNA glycos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i6b
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis Uracil-DNA glycosylase in complex with 5-Hydroxy-2,4(1H,3H)-pyrimidinedione, Form I
要素Uracil-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / DNA repair (DNA修復) / Base excision repair (塩基除去修復) / Inhibitor-complex / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / 塩基除去修復 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Uracil-DNA glycosylase family 1 / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
5-oxidanyl-1~{H}-pyrimidine-2,4-dione / Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Raj, P. / Paul, A. / Gopal, B.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Other government インド
引用
ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Crystal structures of non-uracil ring fragments in complex with Mycobacterium tuberculosis uracil DNA glycosylase (MtUng) as a starting point for novel inhibitor design: A case study ...タイトル: Crystal structures of non-uracil ring fragments in complex with Mycobacterium tuberculosis uracil DNA glycosylase (MtUng) as a starting point for novel inhibitor design: A case study with the barbituric acid fragment.
著者: Kesharwani, S. / Raj, P. / Paul, A. / Roy, K. / Bhanot, A. / Mehta, A. / Gopal, A. / Varshney, U. / Gopal, B. / Sundriyal, S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2015
タイトル: Structural plasticity in Mycobacterium tuberculosis uracil-DNA glycosylase (MtUng) and its functional implications.
著者: Arif, S.M. / Geethanandan, K. / Mishra, P. / Surolia, A. / Varshney, U. / Vijayan, M.
履歴
登録2023年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uracil-DNA glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,52412
ポリマ－25,8141
非ポリマー71011
水5,044280
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.160, 63.680, 45.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Uracil-DNA glycosylase / / UDG


分子量: 25813.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: ung, Rv2976c, MTCY349.11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFQ9, uracil-DNA glycosylase

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非ポリマー , 6種, 291分子

#2: 化合物 ChemComp-ODF / 5-oxidanyl-1~{H}-pyrimidine-2,4-dione / 5-Hydroxy-2,4(1H,3H)-pyrimidinedion / 5-ヒドロキシウラシル


分子量: 128.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N2O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1 M Tris pH 5.5, 25% PEG (w/v) 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30.49 Å / Num. obs: 25418 / % possible obs: 93.72 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.0368 / Net I/σ(I): 11.77
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / Rmerge(I) obs: 0.1443 / Num. unique obs: 2415 / CC1/2: 0.927

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WS4

4ws4


解像度: 1.6→30.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1816 1196 4.7 %RANDOM
Rwork0.14902 ---
obs0.15057 24223 93.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.572 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å2-0 Å20.14 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→30.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1739 0 37 280 2056
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0131840
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0340.0171728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7811.6492517
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.3081.5643977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3355236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.18619.15895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.90215260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2971520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2229
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022099
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0190.02415
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0030.999926
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9950.999925
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5591.4971159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5591.4981160
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7861.184914
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7851.186915
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.71.6871356
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.64213.3732177
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.39312.5072102
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 88 -
Rwork0.216 1693 -
obs--88.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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