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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hpd | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Bry-LHCII heterotrimer of Bryopsis corticulans | ||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | (siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry- ...) x 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
キーワード | PHOTOSYNTHESIS (光合成) / Light-harvesting complexes / siphonaxanthin / siphonein | ||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Siphonaxanthin / Siphonein / CHLOROPHYLL B / クロロフィルa / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / Chem-NEX 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.74 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Li, Z.H. / Shen, J.R. / Wang, W.D. | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 9件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Structural and functional properties of different types of siphonous LHCII trimers from an intertidal green alga Bryopsis corticulans. 著者: Zhenhua Li / Cuicui Zhou / Songhao Zhao / Jinyang Zhang / Xueyang Liu / Min Sang / Xiaochun Qin / Yanyan Yang / Guangye Han / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Wenda Wang / 要旨: Light-harvesting complexes of photosystem II (LHCIIs) in green algae and plants are vital antenna apparatus for light harvesting, energy transfer, and photoprotection. Here we determined the ...Light-harvesting complexes of photosystem II (LHCIIs) in green algae and plants are vital antenna apparatus for light harvesting, energy transfer, and photoprotection. Here we determined the structure of a siphonous-type LHCII trimer from the intertidal green alga Bryopsis corticulans by X-ray crystallography and cryo-electron microscopy (cryo-EM), and analyzed its functional properties by spectral analysis. The Bryopsis LHCII (Bry-LHCII) structures in both homotrimeric and heterotrimeric form show that green light-absorbing siphonaxanthin and siphonein occupied the sites of lutein and violaxanthin in plant LHCII, and two extra chlorophylls (Chls) b replaced Chls a. Binding of these pigments expands the blue-green light absorption of B. corticulans in the tidal zone. We observed differences between the Bry-LHCII homotrimer crystal and cryo-EM structures, and also between Bry-LHCII homotrimer and heterotrimer cryo-EM structures. These conformational changes may reflect the flexibility of Bry-LHCII, which may be required to adapt to light fluctuations from tidal rhythms. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hpd.cif.gz | 215.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hpd.ent.gz | 175.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hpd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/8hpd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/8hpd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry- ... , 3種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 26696.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27273.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) |
#3: タンパク質 | 分子量: 27946.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) |
-非ポリマー , 6種, 56分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-0IE / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-CHL / #8: 化合物 | ChemComp-CLA / #9: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Bryopsis corticulans chlorophyll a/b-type light-harvesting complex II heterotrimer タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Bryopsis corticulans (ネザシハネモ) |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1298053 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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