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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hp7 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of (S)-2-haloacid dehalogenase K152A mutant trapped with (2R)-4-amino-2-hydroxybutanoic acid | |||||||||
要素 | (S)-2-haloacid dehalogenase(S)-2-haloacid dehalogenase | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / cyclic amino acid / ring-opening / detoxification | |||||||||
機能・相同性 | (S)-2-haloacid dehalogenase / (S)-2-haloacid dehalogenase activity / L-2-Haloacid dehalogenase / HAD hydrolase, subfamily IA / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / (S)-2-haloacid dehalogenase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Novosphingobium sp. MBES04 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang, Q. / Wang, L. / Xu, X. / Xing, X. / Zhou, J. | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Catalysis Science And Technology / 年: 2023 タイトル: Enzymatic hydrolysis on L-azetidine-2-carboxylate ring opening 著者: Xu, X. / Yang, Q. / Wang, L. / Zheng, J. / Gu, Y. / Xing, X.W. / Zhou, J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hp7.cif.gz | 181.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hp7.ent.gz | 140.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hp7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/8hp7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/8hp7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8hp5C 8hp6C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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3 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32901.711 Da / 分子数: 3 / 変異: K152A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Novosphingobium sp. MBES04 (バクテリア) 遺伝子: MBENS4_0996 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0S6WSA3 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.77 % |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200 mM Potassium nitrate, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.43→41.02 Å / Num. obs: 153210 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.43→1.45 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 7519 / CC1/2: 0.919 / % possible all: 93.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AlphaFold 解像度: 1.43→36.48 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.64 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.43→36.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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